發(fā)簡信
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R 針對KEGG ORTHOLOGY的Lefse分析在拿到PICRUST2預(yù)測的KO豐度表格后，我們其實(shí)接下來也可以像完成優(yōu)勢物種進(jìn)化分支圖一樣來針對KO的Lefse分析首先接上篇熊痴，獲取KEGG ...
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R 下載和整理KEGG ORTHOLOGY文件登錄KO (KEGG ORTHOLOGY) Database[https://www.kegg.jp/kegg/ko.html]乳蓄，進(jìn)入下圖頁面：...
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R 常用微生物距離函數(shù)記錄
總結(jié)：第1咪橙、6、7距離算法較多虚倒，但是1計(jì)算距離前無法對原始OTU進(jìn)行hellinger轉(zhuǎn)換美侦，相反6和7均可以，但是7操作步驟稍顯復(fù)雜魂奥，使用6更快...
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利用MicrobiotaProcess完成LEFse分析（近似）對于Lefse來說菠剩，首先測試所有特征在不同類中的值是否存在差異分布。其次耻煤，對顯著不同的特征進(jìn)行事后檢驗(yàn)具壮，不同類中子類之間的所有兩兩比較應(yīng)都明顯符...
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R語言 RDA分析（去冗余物種）也做了挺多次RDA分析，自己現(xiàn)在小結(jié)一下RDA分析流程： 就我個人而言哈蝇，虛線前面都是不太經(jīng)歷的步驟棺妓，我一般不會主動刪去樣品的環(huán)境信息，因?yàn)槲医佑|...
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生物節(jié)律之衰減晝夜節(jié)律計(jì)算：circacompare使用篇（6）最近在進(jìn)行l(wèi)umicycle實(shí)驗(yàn)炮赦，接觸到了細(xì)胞上面的衰減的晝夜節(jié)律怜跑。關(guān)于這一點(diǎn)，和動物造模有所不同吠勘，在細(xì)胞上面性芬，由于細(xì)胞過于密集+培養(yǎng)時長延長+...
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Tax4Fun2 16s擴(kuò)增子群落功能預(yù)測 使用小結(jié)
Tax4Fun2是一個基于16S rRNA數(shù)據(jù)集預(yù)測微生物群落功能的R包峡眶，是Tax4Fun的升級版本。其發(fā)布在Github項(xiàng)目bwemheu /...
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IQ-tree2構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹使用小結(jié)
IQ-TREE是一款用于系統(tǒng)發(fā)育推斷的高效軟件（Efficient software for phylogenomic inference）植锉，其...
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R 缺失值處理處理方法：常規(guī)方法 由mape（Mean absolute percentage error辫樱，平均絕對百分比誤差）可知，以上的效果都不咋的汽煮，隨機(jī)...