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2022-01-20 文獻-Nature阿爾茲海默癥神經(jīng)組織比較復(fù)雜帅刊，通常用單細胞核測序單細胞核測序的特征：1鹃操、每個樣本細胞量基本<40002、每個細胞里的基因基本<1000甚至<500 單細胞結(jié)...
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2022-01-21 百分位數(shù)進行細胞過濾樣本量比較大的時候推薦使用百分位數(shù)進行細胞過濾 可視化 可視化后，可以看這個標(biāo)準(zhǔn)過大概過濾掉了多少細胞 創(chuàng)建過濾后的子集
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2022-01-21 細胞注釋思路注釋用的參考數(shù)據(jù)庫 細胞類型鑒定 思路 代碼在cell_marker_annotation.R 1同仆、查看所有marker基因 0亞群很多是T細胞...
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2022-01-21 課題設(shè)計和思路分享課題設(shè)計 思路1：單細胞數(shù)據(jù)作為起點倚舀，找出特征，去bulk數(shù)據(jù)庫驗證 思路2：bulk為起點谷羞，單細胞為終點 思路1和2對比 挖掘思路1 第一種思...
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2022-01-20 文獻-Cell-三陰性乳腺癌化療耐藥進化16年開始做帝火，17年投稿，18年發(fā)表湃缎，在當(dāng)時單細胞技術(shù)比較新 可視化研究思路很重要犀填！ 一、WES結(jié)果 第一個角度：突變有無 化療獲益的患者外顯子...
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2022-01-20 擬時序分析-monocle2包安裝 創(chuàng)建文件夾存儲結(jié)果 用CCA后的數(shù)據(jù)進行擬時序分析 結(jié)果展示
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2022-01-17 CCA校正批次效應(yīng)
批次效應(yīng)強時嗓违，用CCA進行校正 先用PCA圖查看不整合前的批次效應(yīng)原理在每個批次中找到相同的一組表達差異低的基因九巡，用這組基因在每個亞群中的差異代...
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2022-01-17 cellmarker注釋
細胞類型自動化注釋 以下代碼在sub_analysis_scRNA.R中計算特定兩組細胞之間的差異基因，決定要不要把兩個亞群合并 修改具體類別名字
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2022-01-17 多個樣本單細胞分析流程讀數(shù)據(jù) 合并數(shù)據(jù)蹂季，創(chuàng)建seurat對象 合并樣本的數(shù)據(jù)可以使用cbind（） 基因數(shù)相同時或者用merge（） ...