注釋用的參考數(shù)據(jù)庫
細(xì)胞類型鑒定
思路
代碼在cell_marker_annotation.R
1、查看所有marker基因
0亞群很多是T細(xì)胞的marker求厕，可以初步注釋為T細(xì)胞
1亞群也像T或者NK細(xì)胞
0和1很相似戈抄，可以計算這個亞群的差異基因离唬，代碼在sub_analysis_scRNA
2、計算特定兩組細(xì)胞之間的差異基因划鸽，決定要不要把兩個亞群合并
這里看的是cluster0和3的差異输莺，下表按照差異大小排序戚哎，
發(fā)現(xiàn)cluster0和3差異大的都是線粒體基因，說明本身基因差異不大嫂用，那就可以合并型凳；接著看看cluster0,3和cluster1的差異
這些差異基因是有意義的，那么1也許可以不合并進(jìn)去
免疫細(xì)胞注釋可以用singleR
注釋小結(jié)
cellmarker優(yōu)于panglaoDB優(yōu)于其他數(shù)據(jù)庫尸折，但只能解決一部分問題啰脚，還要靠文獻(xiàn)查找
可以把每個亞群找到的marker用在線工具做功能富集，初步看一下功能
