劉小澤寫于2020.2.6最近再一次做起了轉錄組，但這一次需求有點小改變，需要自己定制一下再膳，具體原因看本文吧餐曼。其中要特別表揚花花??同學惋鹅，幫了個大忙急黎！ 問題由來 我們一般進行富...
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一個看似簡單的需求——修改富集分析的dotplot圖 -
請問p值要怎么獲取呀闽铐？
單樣本基因集富集分析 --- ssGSEA
1. 概述 單樣本基因集富集分析（single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA）疏橄，是GSEA方法的擴展占拍，主要是針對單個...
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學習一下ChIPpeakAnno(一)劉小澤寫于19.10.11跟著Bioconductor的教程學習一下ChIPpeakAnno的基本流程 前言 官網(wǎng)教程在：https://www.bioconductor.o...
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GSE83521/GSE89143去除批次效應老大在群里出的題略就，說感覺這個熱圖很詭異，然后中間我自己沒有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達量晃酒，對于數(shù)據(jù)不能有正確的認識表牢，導致一開始的deg的logFC都沒有達到正負1的，最重要...
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CRISPR Cas9知識儲備第一彈：簡介做生物基礎科研研究的同學肯定都聽過CRISPR-Cas9 系統(tǒng)的大名贝次，你對這獨領風騷的系統(tǒng)了解多少呢崔兴？ 快來隨我一起學習一下吧 小郭叨叨叨：最近將要開始使用CRISPR-Ca...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學習IGV的時候寫過兩篇推文，當時簡單做了了解蛔翅，但有朋友說意猶未盡敲茄，嗯我也這么覺得，總覺得還是學的不夠搁宾。推薦閱讀：https://github...
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BAM/SAM文件格式的一些小知識BAM/SAM文件的一些小知識 前言 如果不是在陳老師這讀博折汞，然后開始折騰BAM/SAM文件，我估計這輩子都不會了解到這么多東西吧 SAM/BAM簡介 See Wiki Se...
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單端測序與雙末端測序問題
問題 Paired-End測序與Mate-Pair測序相對于單端測序有何優(yōu)勢盖腿？ Paired-End中的Read1和Read2到底是啥關系爽待？它們是如何參與拼接和比對的呢？ M...
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Linux-ps命令學習
由于ps命令涉及的內(nèi)容比較多一些翩腐，這里單獨使用一篇文章來介紹使用鸟款。使用的系統(tǒng)是：CentOS 7.4.17.08。 ??ps命令是Process Status的縮寫茂卦，用來列出...
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學習limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data一何什、簡介 limma應用于RNA-seq數(shù)據(jù)時，read counts被轉換為log2-counts-per-million（logCPM）等龙〈υ可以有兩種方式對均值-方差的關系...
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學習小組Day7筆記--Sakura測序知識 怎么區(qū)分一二三代測序 一代測序（Sanger雙脫氧終止反應法）目前一代測序在驗證序列（就是平時送公司測序返回來自己blast的那些）以及驗證基因組組裝完整性方面都是...
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學習小組Day6筆記--Sakura學習R包 安裝和加載R包 1.鏡像設置https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw來自生信星球2.安裝R包安裝命令是in...
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學習小組Day5筆記--SakuraR語言數(shù)據(jù)結構 向量 1.標量和向量的區(qū)分 元素指的是數(shù)字或者字符串（用chr表示）等罐栈，根據(jù)它可以區(qū)分兩個詞：標量：一個元素組成的變量向量：多個元素組成的變量使用時，一般都會...
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學習小組Day4筆記--SakuraR語言基礎 安裝R（基礎）和Rstudio 必須保證電腦用戶名為英文 R語言與Rstudio R語言的核心是解釋計算機語言泥畅，其允許分支和循環(huán)以及使用函數(shù)的模塊化編程荠诬。 R語言...
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學習小組Day2筆記--Sakura什么是linux，什么是服務器位仁？ Linux柑贞，全稱GNU/Linux，是一種相當于Windows和Mac的操作系統(tǒng)聂抢。Windows收費钧嘶，不開源，主要用于日常辦公琳疏，而linux...
