發(fā)簡(jiǎn)信
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irGSEA基因集評(píng)分-繪圖-代碼irGSEA：基于秩次的單細(xì)胞基因集富集分析整合框架（修訂版） - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[https://www.jianshu.c...
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數(shù)據(jù)處理tips
轉(zhuǎn)置數(shù)據(jù)框并將行名變?yōu)榱忻静迹忻優(yōu)樾忻?dplyr包提取數(shù)據(jù)的tips 提取幾個(gè)文件中都腹肌到的通路信息 提取所有通路富集到的基因名稱呵燕，并按照...
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suerat對(duì)象中選取特定的細(xì)胞群（某一打分大于多少欺旧，或者前多少的細(xì)胞群）
提取score列中大于0.6的細(xì)胞群 要提取score列中值大于0.6的細(xì)胞群洒缀，你可以直接在Seurat對(duì)象的元數(shù)據(jù)（meta.data）中進(jìn)行...
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prefetch批量下載SRR文件
數(shù)據(jù)庫(kù)下載SRR文件 把當(dāng)前文件夾的下一級(jí)子文件夾中的sra文件移動(dòng)到當(dāng)前文件夾來(lái) 這條命令的解釋如下： find .：從當(dāng)前目錄開(kāi)始查找。-m...
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去除NA值所在行
去除第一列NA值所在行 去除所有列NA值的行 去除指定幾列的NA值所在行
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ggvenn繪制ven圖輸入數(shù)據(jù)venn1.csv如下圖央碟，通常為不同組別相比的DEGs 轉(zhuǎn)化后的文件格式為下圖所示 然后畫(huà)ven圖
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DESeq2分析預(yù)處理
一寒波、在R中去除低表達(dá)基因的一個(gè)常用方法是設(shè)定一個(gè)閾值，比如崇堰，一個(gè)基因在一定數(shù)量的樣本中至少需要達(dá)到某個(gè)計(jì)數(shù)值沃于。以下是一個(gè)示例R代碼，展示如何去除...
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RNA-seq workflow (1)
Quarlity control step Trimming for adaptors (Not required) Alignment ste...