什么是組間差異檢驗(yàn)噩茄？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)，應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個(gè)假設(shè)：組間沒有差異诲侮，變量之...
發(fā)簡(jiǎn)信
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組間差異檢驗(yàn)零蓉，終于有人講清楚了! -
Ubuntu運(yùn)行salmon時(shí)報(bào)錯(cuò)liblzma.so.0
然后我就嘗試運(yùn)行以下代碼沟绪，發(fā)現(xiàn)沒用 sudo apt-get update -ysudo apt-get install -y liblzma-dev 系統(tǒng)更新，還有一個(gè)報(bào)錯(cuò)...
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微生物組學(xué)差異性檢驗(yàn)
1. Adonis vegan包置換多因素方差分析（非參數(shù)多因素方差分析）空猜，可對(duì)OTU矩陣及所有環(huán)境因子矩陣進(jìn)行差異性檢驗(yàn)绽慈。 otu_env.adonis = adonis(...
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統(tǒng)計(jì)學(xué)之三大相關(guān)性系數(shù)（pearson、spearman抄肖、kendall）關(guān)注公眾號(hào)：“程序員成長(zhǎng)軟技能” 久信，日拱一卒，功不唐捐＠炷Α（轉(zhuǎn)自 微信公眾號(hào)克里克學(xué)苑）三個(gè)相關(guān)性系數(shù)（pearson, spearman, kendall）反應(yīng)的都是兩個(gè)變...
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群落多樣性之Beta多樣性（一）0 導(dǎo)語(yǔ) 再過(guò)不到一個(gè)月裙士，就要高考了」鼙校考試固然重要腿椎，它檢驗(yàn)的是努力，決定了起點(diǎn)的高度夭咬；報(bào)考更重要啃炸，它是方向，讓考生從無(wú)限可能步入可能中的一種卓舵，決定了考生的未來(lái)南用。是啊，任你分?jǐn)?shù)...
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歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)<生信修煉手冊(cè)><br>關(guān)注公眾號(hào)，可以加入微信群融击，一起交流溝通
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生信技能樹尊浪，生信菜鳥團(tuán)匣屡，jimmy
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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SRA Toolkit下載SRA數(shù)據(jù)
1.下載 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 或者 wget "ftp://ftp...
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受用
linux mac添加環(huán)境變量
一般情況下捣作，需要添加可執(zhí)行權(quán)限 chmod +x software_name 然后寫進(jìn)環(huán)境變量中誉结，加到環(huán)境變量的路徑必須是全路徑，全路徑指以/開頭或已 ~開頭的路徑 (~開頭...
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答生信從業(yè)人員的N個(gè)問題（更新非常慢）問題鏈接：http://www.reibang.com/p/88611ef94bd7 Ubuntu 相關(guān) chmod的用途虾宇，場(chǎng)景 chmod即change mode, 是用于...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從fastq測(cè)序數(shù)據(jù)到OTU table筆記內(nèi)容：由二代測(cè)序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（fastq格式）到物種豐度的OTU table搓彻， 樣本群落距離矩陣如绸，物種多樣性指數(shù)嘱朽，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的分析結(jié)果，為常規(guī)分析流程怔接。...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從OTU table到marker物種筆記內(nèi)容：由二代測(cè)序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（.fastq）到OTU table搪泳， 距離矩陣，物種多樣性指數(shù)扼脐，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的可分析數(shù)據(jù)岸军，為常規(guī)分析流程⊥呶辏可以使用usear...
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鑒別確定性和隨機(jī)過(guò)程微生物群落構(gòu)建過(guò)程中的相對(duì)重要性
科學(xué)問題：弄清生物群落的構(gòu)建(community assembly)機(jī)制（如生物多樣性是如何形成斋泄、維持杯瞻、演替的？）一直是生態(tài)學(xué)研究所關(guān)心的熱點(diǎn)問題 自然界中為什么會(huì)有如此多的...
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測(cè)序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計(jì) | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測(cè)序后公司交付數(shù)據(jù)時(shí)炫掐，一般會(huì)提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果魁莉。因?yàn)榭赡苄枰约簛?lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理，記得一定要拿回raw data募胃，同時(shí)弄清...
