一、前言 好久沒更新過文章啦疯溺，今天我們來聊一聊怎么找hubgene瞳腌。 二绞铃、常見的尋找hubgene方法 我們?nèi)绻芯恳粋€疾病，通常會做一個疾病的正常和非成┦蹋基因差異表達分析儿捧，...
發(fā)簡信
IP屬地：黑龍江
-
轉錄組分析——如何尋找差異基因中的中樞基因（hubgene） -
【點】網(wǎng)絡藥理學匯總最近又做了一次這個東西荚坞，感覺意義確實不明顯，主要還是因為現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫的質量不夠吧菲盾，但是在大范圍抓魚上面還是有點借鑒意義的颓影，就如同生信一般，想做出亮點離不開扎實的濕實驗懒鉴，而且目前...
-
R語言中的管道%>%
本文首發(fā)于我的個人博客[https://www.ikeguang.com/?p=1783] ％>％來自dplyr包的管道函數(shù)诡挂，我們可以將其理解為車間里的流水線，經(jīng)過前一步加工...
-
R語言實戰(zhàn) | 新老福利~解放雙手的rstudio快捷鍵
"R實戰(zhàn)"專題·第5篇 編輯 | 科白君 本期推送內(nèi)容 學習方法一定是在學習過程中占最主要的临谱。最近學了一些新的小技能璃俗，掌握了不少rstudio軟件中高效率的快捷鍵。我認為悉默，這...
-
【點】p value城豁、FDR、q value
假設檢驗： 一般步驟： 1.設定假設后需要驗證：假設0一般都是“處理組和對照組無區(qū)別” 2.構建檢驗統(tǒng)計量：根據(jù)樣本數(shù)據(jù)計算統(tǒng)計量和檢驗統(tǒng)計量 3.設定置信區(qū)間：根據(jù)檢驗統(tǒng)計...
-
【點】count抄课、RPM唱星、RPKM、FPKM跟磨、TPM
為什么需要標準化 標準化的主要目的是去除測序數(shù)據(jù)的技術偏差：測序深度和基因長度间聊。 #測序深度：一個片段測了幾遍 #測序覆蓋度：測序片段匹配到目標區(qū)域的百分比 測序深度：測序深...
-
【點】模型選擇標準：AIC與BIC
數(shù)據(jù)少，模型復雜吱晒，過擬合 數(shù)據(jù)多甸饱，訓練得好，過擬合 需要標準來平衡仑濒，除了常見的正則化，還有其他標準偷遗。 1墩瞳、赤池信息準則（Akaike Information Criterio...
-
【點】RR、OR氏豌、HR
RR(relative risk)：相對危險度喉酌，適用于隊列研究（真實世界追蹤研究），先選擇人群泵喘，后觀察結果泪电。反映的是不同處理的危險率之比。 OR(odds ratio)：優(yōu)勢...
-
【塊】Gene id格式轉換的多種方法
本文將逐步增加各種方法纪铺，有時間再研究各個方法的區(qū)別相速。每個人在轉換id格式時，可能會遇到很多與以下流程不同的情況鲜锚。比如說gene id有小版本突诬、去重后數(shù)據(jù)大量丟失等等苫拍，建議具體...
