一堪旧、前言 好久沒更新過文章啦猎唁，今天我們來聊一聊怎么找hubgene。 二、常見的尋找hubgene方法 我們?nèi)绻芯恳粋€(gè)疾病案训，通常會(huì)做一個(gè)疾病的正常和非撤哺担基因差異表達(dá)分析旺上，...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖南
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轉(zhuǎn)錄組分析——如何尋找差異基因中的中樞基因（hubgene） -
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【點(diǎn)】網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)匯總最近又做了一次這個(gè)東西抚官，感覺意義確實(shí)不明顯扬跋，主要還是因?yàn)楝F(xiàn)有數(shù)據(jù)庫(kù)的質(zhì)量不夠吧阶捆，但是在大范圍抓魚上面還是有點(diǎn)借鑒意義的凌节，就如同生信一般，想做出亮點(diǎn)離不開扎實(shí)的濕實(shí)驗(yàn)洒试，而且目前...
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R語言中的管道%>%
本文首發(fā)于我的個(gè)人博客[https://www.ikeguang.com/?p=1783] ％>％來自dplyr包的管道函數(shù)倍奢，我們可以將其理解為車間里的流水線，經(jīng)過前一步加工...
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R語言實(shí)戰(zhàn) | 新老福利~解放雙手的rstudio快捷鍵
"R實(shí)戰(zhàn)"專題·第5篇 編輯 | 科白君 本期推送內(nèi)容 學(xué)習(xí)方法一定是在學(xué)習(xí)過程中占最主要的垒棋。最近學(xué)了一些新的小技能卒煞，掌握了不少rstudio軟件中高效率的快捷鍵。我認(rèn)為叼架，這...
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【點(diǎn)】p value畔裕、FDR、q value
假設(shè)檢驗(yàn)： 一般步驟： 1.設(shè)定假設(shè)后需要驗(yàn)證：假設(shè)0一般都是“處理組和對(duì)照組無區(qū)別” 2.構(gòu)建檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量：根據(jù)樣本數(shù)據(jù)計(jì)算統(tǒng)計(jì)量和檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量 3.設(shè)定置信區(qū)間：根據(jù)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)...
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【點(diǎn)】count乖订、RPM扮饶、RPKM、FPKM乍构、TPM
為什么需要標(biāo)準(zhǔn)化 標(biāo)準(zhǔn)化的主要目的是去除測(cè)序數(shù)據(jù)的技術(shù)偏差：測(cè)序深度和基因長(zhǎng)度甜无。 #測(cè)序深度：一個(gè)片段測(cè)了幾遍 #測(cè)序覆蓋度：測(cè)序片段匹配到目標(biāo)區(qū)域的百分比 測(cè)序深度：測(cè)序深...
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【點(diǎn)】模型選擇標(biāo)準(zhǔn)：AIC與BIC
數(shù)據(jù)少，模型復(fù)雜哥遮，過擬合 數(shù)據(jù)多岂丘，訓(xùn)練得好，過擬合 需要標(biāo)準(zhǔn)來平衡眠饮，除了常見的正則化奥帘，還有其他標(biāo)準(zhǔn)。 1仪召、赤池信息準(zhǔn)則（Akaike Information Criterio...
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【點(diǎn)】RR翩概、OR、HR
RR(relative risk)：相對(duì)危險(xiǎn)度返咱，適用于隊(duì)列研究（真實(shí)世界追蹤研究）钥庇，先選擇人群，后觀察結(jié)果咖摹。反映的是不同處理的危險(xiǎn)率之比评姨。 OR(odds ratio)：優(yōu)勢(shì)...
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【塊】Gene id格式轉(zhuǎn)換的多種方法
本文將逐步增加各種方法，有時(shí)間再研究各個(gè)方法的區(qū)別。每個(gè)人在轉(zhuǎn)換id格式時(shí)吐句，可能會(huì)遇到很多與以下流程不同的情況胁后。比如說gene id有小版本、去重后數(shù)據(jù)大量丟失等等嗦枢，建議具體...
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【塊】Cibersort.R計(jì)算22種免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分?jǐn)?shù)綜合簡(jiǎn)書作者們的文章以及自己操作攀芯，綜合整理如下，以備后面使用文虏。有問題歡迎交流Robust enumeration of cell subsets from tissue ex...
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【書】《Advanced R》R數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)先看文字理解侣诺，圖在最后 1、結(jié)構(gòu) R的基本數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是向量（vector）氧秘，向量又有兩種：atomic vector 和 list（后面簡(jiǎn)稱vector為向量年鸳，atomic v...
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【包】SummarizedExperimentSummarizedExperiment類 該類常被用來儲(chǔ)存表達(dá)矩陣，比如TCGAbiolinks下載的TCGA表達(dá)矩陣丸相。該類數(shù)據(jù)將原始信息（metadata）和表達(dá)矩陣（a...
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【點(diǎn)】理解基因芯片有很多芯片但是基本原理都類似搔确，具體有哪些種類可以去查一下維基百科（關(guān)鍵詞：microarray） 1、基因芯片基本結(jié)構(gòu) 芯片由probe set為基本單位灭忠，多個(gè)probe s...
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【包】arrayQualityMetrics
該包僅用一個(gè)函數(shù)生成一個(gè)對(duì)芯片數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)價(jià)的HTML文件主要支持Affymetrix膳算、Illumina芯片，其他芯片可以轉(zhuǎn)換為one or two colour arr...
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【點(diǎn)】dist弛作、hclust與cutree函數(shù)畫熱圖會(huì)涉及到的幾個(gè)小函數(shù) dist() 使用特定的distance計(jì)算方法計(jì)算行與行之間的距離涕蜂。可使用的distance計(jì)算方法："euclidean"缆蝉、"maximum"...
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【個(gè)人】階段總結(jié)2021.8.11
這段時(shí)間比較忙宇葱，做的事情也沒有明顯的產(chǎn)出。正如我前面幾年的很多時(shí)間一樣刊头，收獲十分零散∈蚯疲現(xiàn)在對(duì)于這種情況的認(rèn)識(shí)主要有：1）有問題在面前卻不知道問題是什么；2）沒有及時(shí)反思記錄原杂；...
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帶你走入生信學(xué)習(xí)之路——生信入門
本文全部都是個(gè)人經(jīng)驗(yàn)印颤、個(gè)人觀點(diǎn) 階段一：進(jìn)入學(xué)習(xí)狀態(tài) 學(xué)姐和我說過這么一句話：做項(xiàng)目最簡(jiǎn)單的是學(xué)習(xí)，難在設(shè)備和技術(shù)穿肄，說白了就是資源 進(jìn)入一個(gè)新的領(lǐng)域最簡(jiǎn)單就是兩步走：讀兩本書...
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geom_bar()函數(shù)繪制條形圖
使用geom_bar()函數(shù)繪制條形圖年局，條形圖的高度通常表示兩種情況之一：每組中的數(shù)據(jù)的個(gè)數(shù)，或數(shù)據(jù)框中列的值咸产，高度表示的含義是由geom_bar()函數(shù)的參數(shù)stat決定的...
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R繪圖_ggplot2繪制Error barError bar 本教程介紹了如何使用R軟件和ggplot2軟件包創(chuàng)建帶有誤差線的圖形矢否。 1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 統(tǒng)計(jì)函數(shù)代碼 或者使用Rmisc包統(tǒng)計(jì)函數(shù) 2. 帶誤差條的條形圖...
