劉小澤寫于19.12.29 + 2020.1.1這一篇不扯別的，只列我認(rèn)為比較重點(diǎn)的limma包的知識(shí)斑司，所以代碼部分可能比較多渗饮。但也會(huì)用不同的知識(shí)點(diǎn)來區(qū)分 前言 limma的...
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那些常用的limma操作 -
如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù)如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) 總體介紹 deeptools是基于Python開發(fā)的一套工具但汞，用于處理諸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq,...
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ChIP-seq實(shí)踐（非轉(zhuǎn)錄因子，非組蛋白）在實(shí)戰(zhàn)之前互站，首先對(duì)CHIP-seq分析做一些了解私蕾，以下是從各個(gè)地方copy過來綜合起來的，有些散亂胡桃，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識(shí)點(diǎn)踩叭。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
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ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)在實(shí)踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識(shí)點(diǎn)：（參考文章：http://www.reibang.com/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...
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2020-06-17 RIPSeeker: 用于從RIP-seq實(shí)驗(yàn)中識(shí)別蛋白質(zhì)相關(guān)轉(zhuǎn)錄本的統(tǒng)計(jì)R包
RIPSeeker clp 17 June, 2020 RIPSeeker: 用于從RIP-seq實(shí)驗(yàn)中識(shí)別蛋白質(zhì)相關(guān)轉(zhuǎn)錄本的統(tǒng)計(jì)R包 RIPSeeker使用具有負(fù)二項(xiàng)分布概...
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CLIP翠胰、RIP-seq講座視頻筆記系列筆記基于達(dá)澈生物講座視頻容贝，從中初步學(xué)習(xí)了解生信分析中常遇到的組學(xué)分析技術(shù)。ChIP-seq和 CUT&Tag之景、CUT&RUN講座視頻筆記 - 簡書 [https://w...
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利用HOMER預(yù)測目標(biāo)序列的motif（從運(yùn)行程序到結(jié)果解讀斤富，以及注意事項(xiàng)）關(guān)于查找motif，目前有很多種軟件可以進(jìn)行預(yù)測锻狗。我所在的實(shí)驗(yàn)室通常使用FIMO（MEME套件里的一個(gè)）满力，但是有很多文獻(xiàn)里也提到了HOMER這個(gè)軟件，并且不乏一些影響因子很高...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（3）這是CUT&Tag數(shù)據(jù)分析的最后一部分轻纪，這一部分基本就是進(jìn)行各種的可視化了油额。 第七節(jié) 可視化 通常，我們感興趣的是使用基因組瀏覽器在各個(gè)區(qū)域可視化染色質(zhì)landscape刻帚。I...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開始筆記之前我只想吐槽一下潦嘶，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯(cuò)的離譜！３缰凇掂僵！各種報(bào)錯(cuò)報(bào)的我懷疑人生。校摩。看峻。 第四節(jié) 比對(duì)結(jié)果過濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對(duì)質(zhì)量過濾比對(duì)上的【可選步驟】 ...
