參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕蟋恬，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無(wú)參考基因組該怎么辦，值得一看 簡(jiǎn)單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開(kāi)頭...
IP屬地：內(nèi)蒙古
-
R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID辽故、GO/KEGG富集分析 -
非模式生物KEGG富集分析寫(xiě)在前面 因?yàn)槲已芯康奈锓N比較小眾年缎，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒(méi)有對(duì)應(yīng)信息矾睦，所以無(wú)法使用公共數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行kegg富集分析晦款。所以自己嘗試使用KAAS造一個(gè)...
-
轉(zhuǎn)錄組分析進(jìn)階這是我聽(tīng)孟浩巍知乎LiveB站鯪魚(yú)不會(huì)飛視頻（轉(zhuǎn)錄組分析進(jìn)階課程）里的筆記哦~ 本次知乎Live解決的問(wèn)題： 轉(zhuǎn)錄組的建庫(kù)與質(zhì)量控制 人類(lèi)基因組與轉(zhuǎn)錄組組成 轉(zhuǎn)錄組的2種建庫(kù)...
-
應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程eggnog-mapper實(shí)現(xiàn)功能注釋 eggNOG-Mapper介紹 通常功能注釋的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常見(jiàn)的方法就是BLAST+BLAST2GO枚冗， 或者...
-
自己構(gòu)建物種包OrgDb缓溅，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒(méi)有物種包OrgDb赁温，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)坛怪。主要參考了劉小澤的簡(jiǎn)書(shū)，特別感謝一下９赡摇Ｍ嗄洹！ emapper首先得到注釋...
-
使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫(xiě)的R包稚疹，看過(guò)了它的繪圖就會(huì)使人沉迷于其顏值無(wú)法自拔居灯。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測(cè)試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）内狗。 一怪嫌、...
-
系統(tǒng)發(fā)育基礎(chǔ)知識(shí)介紹
系統(tǒng)發(fā)育學(xué)概念 系統(tǒng)發(fā)生（或種系發(fā)生、系統(tǒng)發(fā)育柳沙，phylogeny）是指生物形成或進(jìn)化的歷史岩灭。系統(tǒng)發(fā)生學(xué)(phylogenetics)研究物種之間的進(jìn)化關(guān)系，其基本思想是比較...
-
【經(jīng)驗(yàn)】宏基因組的基因定量問(wèn)題宏基因組的基因定量問(wèn)題已經(jīng)困擾我很久啦赂鲤，今天稍稍梳理了一下噪径，但是還是不大懂，后續(xù)分析到底怎么整数初，什么情況下做基因定量進(jìn)行差異分析有必要找爱。如果是基因已知數(shù)據(jù)庫(kù)的方法，就像MEG...
