通過單拷貝基因構(gòu)建物種樹，一般有兩種方法： 1，Concatenation（串聯(lián)法）：將比對完成的單個單拷貝基因依次串聯(lián)成一個超級基因（super gene/matrix）構(gòu)...
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IP屬地：廣西壯族自治區(qū)
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多個單基因進(jìn)化樹整合成一個進(jìn)化樹 -
選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進(jìn)化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇箕宙。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認(rèn)為愿伴，同義...
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如何計(jì)算kaks值和4dtv值前期準(zhǔn)備 不同物種的蛋白和cds序列：os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依賴程序：blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...
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Orthofinder 2.3Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源电湘，是指不同物種之間的基因隔节，起源于共同的祖先鹅经，基因功能可能一樣，但又因?yàn)檫M(jìn)化的關(guān)系怎诫，使得功能有...
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腳本 | Python | 操作OrthoFinder結(jié)果Orthogroups.tsv
持續(xù)更新...... 針對OrthoFinder[https://github.com/davidemms/OrthoFinder]的結(jié)果Results_*/Orthogro...
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【R語言】clusterProfiler富集分析瘾晃，物種注釋數(shù)據(jù)庫相信大家對Y叔的clusterprofiler這個R包并不陌生，一般做基因富集分析的時候都會用到這個R包幻妓。這個包非常實(shí)用蹦误，并且畫出來的圖也很不錯。 其實(shí)小編前面已經(jīng)花了不少篇...
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非模式物種的一種簡單版的go肉津，kegg富集首先推薦Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/[http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas...
