通過單拷貝基因構(gòu)建物種樹，一般有兩種方法： 1副瀑，Concatenation（串聯(lián)法）：將比對完成的單個(gè)單拷貝基因依次串聯(lián)成一個(gè)超級基因（super gene/matrix）構(gòu)...
發(fā)簡信
IP屬地：廣西壯族自治區(qū)
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多個(gè)單基因進(jìn)化樹整合成一個(gè)進(jìn)化樹 -
選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進(jìn)化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇驻仅。 在遺傳學(xué)中其徙， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例唯灵。 一般認(rèn)為丰泊，同義...
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如何計(jì)算kaks值和4dtv值前期準(zhǔn)備 不同物種的蛋白和cds序列：os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依賴程序：blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...
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菜雞
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Orthofinder 2.3Homolog是同源基因趁耗。 Orthologs,Orthologues 直系同源沉唠，是指不同物種之間的基因，起源于共同的祖先苛败，基因功能可能一樣，但又因?yàn)檫M(jìn)化的關(guān)系径簿，使得功能有...
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備忘篇亭！<br>備忘缠捌！<br>備忘！
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腳本 | Python | 操作OrthoFinder結(jié)果Orthogroups.tsv
持續(xù)更新...... 針對OrthoFinder[https://github.com/davidemms/OrthoFinder]的結(jié)果Results_*/Orthogro...
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【R語言】clusterProfiler富集分析，物種注釋數(shù)據(jù)庫相信大家對Y叔的clusterprofiler這個(gè)R包并不陌生曼月，一般做基因富集分析的時(shí)候都會用到這個(gè)R包谊却。這個(gè)包非常實(shí)用，并且畫出來的圖也很不錯(cuò)哑芹。 其實(shí)小編前面已經(jīng)花了不少篇...
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南京櫻花大學(xué)<br>
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非模式物種的一種簡單版的go聪姿，kegg富集首先推薦Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/[http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas...
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阿威是我<br>
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使用EGGNOG-Mapper對非模式物種快速進(jìn)行GO或KEGG注釋對于非模式物種末购，需要做GO或KEGG富集破喻，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來對你的物種序列進(jìn)行快速注釋。在注釋結(jié)果文件中盟榴，可以同時(shí)獲得序列映射上的GO號或KO號曹质，直接提...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號<br><br>公眾號：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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使用clusterProfiler包對非模式生物進(jìn)行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔開發(fā)的一個(gè)強(qiáng)大的能進(jìn)行多種功能富集的R包咆繁，對于有OrgDb或AnnotationHub中收錄的物種進(jìn)行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
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非模式生物KEGG富集分析寫在前面 因?yàn)槲已芯康奈锓N比較小眾，很多注釋不完全顶籽，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息玩般，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個(gè)...
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3大差異分析r包：DESeq2礼饱、edgeR和limma做差異分析需要的數(shù)據(jù)：表達(dá)矩陣和分組信息TCGA的數(shù)據(jù)只要表達(dá)矩陣就夠了坏为，因?yàn)槠銽CGA的樣本ID比較特殊，樣本ID的第14和15位是>=10還是<10就代表了這個(gè)樣本是正常...
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ComplexHeatmap熱圖繪制 | 指定基因在熱圖中標(biāo)記如想獲得圖例代碼和數(shù)據(jù)镊绪，請到公眾號“小杜的生信筆記”中回復(fù)“20220117”匀伏，鏈接有效期2022.17-2022.2.17（特別申明：該數(shù)據(jù)僅是演示數(shù)據(jù)，無任何意義） 教程...
