動機 通常在單細胞RNA測序數(shù)據(jù)中觀察到文庫之間測序覆蓋率的系統(tǒng)差異。它們通常是由細胞間的cDNA捕獲或PCR擴增效率方面的技術差異引起的徽缚，這歸因于用最少的起始材料難以實現(xiàn)一...
發(fā)簡信
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完整的單細胞分析流程——數(shù)據(jù)標化（normalization）
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細胞項目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項葵诈，F(xiàn)ind...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此膏萧，功能分析在單細胞分析中相當重要. 功能分析的方法很多词疼，這兒我們主要講述3種功能分...
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單細胞學習4DE 比較不同的DE分析工具 bulk RNA-seq，現(xiàn)在最流行的就是DESeq2 和 edgeR废境。對單細胞測序數(shù)據(jù)來說畜挨，通常需要先聚類之后把細胞群體進行分組，然后來比較不...
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14種單細胞測序去批次效應哪家強
今天跟大家分享的是2020年1月發(fā)表在Genome Biol.（IF：14.028）雜志上的一篇文章A benchmark of batch-effect correctio...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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用Seurat做RNA Velocity介紹：http://www.reibang.com/p/63071b368be5[http://www.reibang.com/p/63071b368be5]安裝：注意：...
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用Seurat做RNA Velocity安裝加載相應的包 If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with ...
