許久未回簡書平臺鱼冀，臨近假期，又到了學(xué)習(xí)新知識的時間 關(guān)于科研中悠就，植物科學(xué)常見的分析問題千绪，有了些許經(jīng)驗和沉淀，那就等待假期慢慢更新吧 私信和郵件會慢慢回復(fù)梗脾，希望能對疑惑有所幫助...
IP屬地：福建
-
2023-11-25
-
【pybedtools】在Python中使用BEDTools功能
I have a Python, I have a BEDTools.Ah,pybedtools!原文：https://www.cnblogs.com/huanping/p/...
-
個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
-
miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA梭冠，到表達(dá)矩陣【一】該教程分為2部分辕狰，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA妈嘹，到表達(dá)矩陣【二】 因為之前碰到...
-
2023-01-15
最近停了一下 學(xué)習(xí)了表觀遺傳的課程润脸，相關(guān)的測序原理，比對算法思路他去，以及應(yīng)用到具體操作中一些參數(shù)的意義 還是要整理一下毙驯，接下來一周多，我會在學(xué)習(xí)python的同時灾测，整理我全部的...
-
自省 | 保持理性爆价，控制情緒
前幾天，基本每天一邊做事情一邊帶陳及時。陳及時的作息時間比較規(guī)律铭段，只是每天晚上要等到23:30之后才會睡覺骤宣。當(dāng)然，這個是我們以前給他養(yǎng)成的習(xí)慣序愚。有一天晚上憔披，確實(shí)是很困。當(dāng)然也...
-
Seurat | 我用「TBtools」學(xué)會了「單細(xì)胞測序」數(shù)據(jù)分析寫在前面 TBtools已經(jīng)拆除了絕大部分生信分析的門檻爸吮，讓眾多濕實(shí)驗工作者們（無代碼基礎(chǔ)）可以暢快地分析他們的數(shù)據(jù)芬膝。 不求人非常爽！ 不用跟公司低效溝通分析細(xì)節(jié)非常爽形娇！ 很...
-
【GSAman 使用記錄】
這里是佳奧锰霜！ 這里記錄一些我使用GSAman 的心得。 1桐早、.gsaman文件 選擇一個.gff3文件癣缅，直接修改文件后綴為.gff3.gsaman 把修改后綴的文件拖入即可，...
-
【TBtools 使用記錄】
這里是佳奧勘畔！多一個工具多一種方法所灸，除了R語言，下游分析的方法還有很多很多炫七。 這里記錄一些我使用TBtools的心得爬立。 1 、安裝 2万哪、手冊 3侠驯、熱圖 按住Alt水平或豎直方向...
-
【linux 常用】
這里是佳奧！這一部分是Linux常用的命令诅福。 1匾委、釋放WSL2子系統(tǒng)空間 2、刪除進(jìn)程 3氓润、改命令行配色 4赂乐、啟動ssh服務(wù) 5、conda鏡像： 6咖气、啟動conda進(jìn)程 7...
-
【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】五挨措、peaks挖滤、motif注釋這里是佳奧！新的一年浅役，ATAC-Seq的學(xué)習(xí)也進(jìn)入了尾聲斩松。 讓我們開始吧！ 1 peaks注釋 統(tǒng)計peak在promoter担租，exon砸民，intron和intergenic區(qū)...
-
【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】四、計算插入片段長度奋救，F(xiàn)RiP岭参，IDR值與deeptools可視化這里是佳奧！ 2022年的最后一天尝艘，讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學(xué)習(xí)演侯！ 1 計算插入片段長度 非冗余非線粒體能夠比對的fragment、比對率背亥、NRF秒际、PBC1、PBC2狡汉、p...
-
第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重復(fù)樣本的處理ATAC-Seq要求必須有2次或更多次生物學(xué)重復(fù)（十分珍貴或者稀有樣本除外娄徊，但必須做至少2次技術(shù)重復(fù)）。理論上重復(fù)樣本...
-
R語言ComplexHeatmap包做熱圖：熱圖每隔三行分開一小段這個是有讀者在B站給我的留言問到的問題 熱圖每隔三行分開一小段 怎么實(shí)現(xiàn)盾戴？我最開始的想法是用ggplot2來做寄锐，將數(shù)據(jù)拆分，每三行數(shù)據(jù)做一個圖尖啡，最后采取拼圖的方式來實(shí)現(xiàn)橄仆。 后...
-
「干活」基因組組裝之前要做的：Genome Survey基因組組裝之前，有一些問題還是需要注意的衅斩， genome size是多少盆顾？ 評估得到的genome heterozygosity是多少？ 重復(fù)序列的占比是多少畏梆？ 可以系統(tǒng)性地...
-
【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】三您宪、比對與Peaks Calling這里是佳奧！我們繼續(xù)clean數(shù)據(jù)的比對奠涌。 1 使用bowtie2進(jìn)行比對 用bowtie2進(jìn)行比對和統(tǒng)計比對率, 需要提前下載參考基因組然后使用命令構(gòu)建索引宪巨，或者直接就下載...
