CellPhoneDB作為出鏡率很高的細(xì)胞互作分析工具啼染，也是大家公認(rèn)的策泣。網(wǎng)上有很多教程，按理說在自己單細(xì)胞系列也應(yīng)該出一個(gè)教程熟嫩，但是由于CellPhoneDB是基于pytho...
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一文解決Cellphonedb單細(xì)胞互作分析及可視化作圖（1） -
細(xì)胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細(xì)胞配受體通識以及常見細(xì)胞分泌信號通路[http://www.reibang.com/p/df4721d29a91]CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器[https:/...
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基因功能富集方法和基因注釋數(shù)據(jù)庫介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過表達(dá)分析ORA、功能分類打分FCS夏哭、基于同路拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)PT和基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)NT和基因富集分析GSEA满哪。...
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CRISPR-Cas9基因編輯2--gRNA設(shè)計(jì)（下）簡介和前期文章 我對之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上） 前言： 在上一次文章中，我們已經(jīng)得到了在線工具設(shè)計(jì)的sgR...
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學(xué)好統(tǒng)計(jì)汛兜，我10分鐘就完成了別人服務(wù)器通宵才完成的分析果子老師做過一個(gè)非常驚人的舉動(dòng)巴粪，用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數(shù)據(jù)，在沒有使用DESeq多線程參數(shù)parallel的情況下，跑了將近40個(gè)小時(shí)肛根。 那么問題來了衡创，在...
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轉(zhuǎn)錄組完整的ID轉(zhuǎn)換：biomaRt和gtfID轉(zhuǎn)換過程中會(huì)有基因丟失這件事情，在部分做干實(shí)驗(yàn)的人看來晶通，是非常正常的璃氢。但不做干實(shí)驗(yàn)的濕實(shí)驗(yàn)人知道這件事，心里可能會(huì)有疙瘩狮辽。為什么要丟失呢一也？為什么丟失了不補(bǔ)回來？ 在分析結(jié)...
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技術(shù)重復(fù)和生物學(xué)重復(fù)1.技術(shù)重復(fù) 同一個(gè)樣品測多次喉脖。例如給某伙計(jì)取血樣椰苟，測5次基因表達(dá)量 能得到的信息 1.這伙計(jì)精確的基因表達(dá)量2.基因表達(dá)量測量方法的準(zhǔn)確程度(看多次測量的重復(fù)性好不好) 使...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(5)：復(fù)現(xiàn)擬南芥單細(xì)胞文章中的數(shù)據(jù)（1）前言 目前我的課題是植物方面的單細(xì)胞測序，所以打算選擇植物類的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)現(xiàn)树叽，目前選擇了王佳偉老師的《A Single-Cell RNA Sequencing Pro...
