vscode + sftp 插件肢预，實現(xiàn)遠程連接編輯服務(wù)器代碼. vscode 安裝 sftp插件 創(chuàng)建sftp配置 使用 ctrl+shift+p 快捷鍵調(diào)出輸入框，選擇 S...
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Visual Studio Code如何連接遠程服務(wù)器？ -
如何上傳測序數(shù)據(jù)至NCBI俯抖？文章發(fā)表一般要求將測序數(shù)據(jù)上傳至NCBI的SRA（Sequence Read Archive）數(shù)據(jù)庫垢啼。上傳到NCBI 的數(shù)據(jù)可歸納為兩大類：測序原始數(shù)據(jù)和分析數(shù)據(jù)抄伍。原始數(shù)據(jù)（...
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skewer過濾軟件的安裝及使用skewer 是一個能快速且準(zhǔn)確地處理NGS雙端reads的接頭去除軟件艘刚。 一、安裝軟件 二截珍、skewer命令參數(shù)詳解 三攀甚、示例
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R package：circlize環(huán)狀熱圖1.讀取基因表達數(shù)據(jù) 這是我的基因表達量數(shù)據(jù) 1.1提取部分?jǐn)?shù)據(jù)集 1.2提取基因表達值所在的列，組成新的矩陣钱床，并將矩陣轉(zhuǎn)置 為什么要轉(zhuǎn)置荚斯，參考https://www.jia...
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Perl 數(shù)組
Perl 數(shù)組一個是存儲標(biāo)量值的列表變量，變量可以是不同類型查牌。數(shù)組變量以 @ 開頭事期。 創(chuàng)建數(shù)組 添加或刪除數(shù)組元素 訪問數(shù)組元素 訪問數(shù)組元素使用 $ + 變量名稱 + [索...
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R語言-菌群alpha多樣性之箱線圖繪制箱型圖（Boxplot）或者盒圖是一種能同時展示一組或多組數(shù)據(jù)的極值、四分位數(shù)纸颜、中位數(shù)和離群值兽泣，顯示數(shù)據(jù)離散情況的統(tǒng)計圖。下面介紹一下如何在R軟件中利用箱形圖可視化兩組微生物...
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R語言-使用ggplot2繪制測序深度圖本文展示如何使用ggplot2包繪制測序reads深度分布圖胁孙，即用條形圖來展示每個位點的測序深度唠倦，以及用餅圖來展示檢出病原的分布。 作圖數(shù)據(jù)說明 傳遞文件1“VM00986....
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擴增子分析軟件QIIME2 必知必會擴增子一站式分析平臺QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接檔QIIME1 極簡操作 QIIME2是微生物組分析流程QIIME的全新版,采用P...
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R語言-使用ggplot2繪制物種豐度堆疊柱狀圖本文使用某宏基因組測序數(shù)據(jù)中的種水平類群豐度表涮较，并直接根據(jù)所有種相對豐度總和稠鼻，提取出top10豐度的種類群，作圖展示這些種的豐度組成狂票，top10外的類群合并為“Others”...
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你好毛肋，請問一下滑窗剪切時的參數(shù)設(shè)置為多少合適呢？20:20可以嗎屋剑？另外润匙，用Sliding Window 的話就不需要用 LEADING 和 TAILING了嗎？
NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對后續(xù)分析至關(guān)重要唉匾，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率孕讳。Trimmomatic 是...
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QIIME2微生物組分析流程
QIIME2功能介紹 1、數(shù)據(jù)導(dǎo)入 示例 2巍膘、生成OUT表 示例 3厂财、操作特征表 特征表統(tǒng)計 過濾特征表：過濾樣本 4、多樣性分析 核心多樣性（無系統(tǒng)發(fā)育樹） alpha多樣...
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samtools軟件的安裝及用法
samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具合集峡懈。能夠?qū)崿F(xiàn)二進制查看璃饱、格式轉(zhuǎn)換、排序及合并等功能肪康，結(jié)合sam格式中的flag荚恶、tag等信息撩穿，還可以完成比對結(jié)果的統(tǒng)計...
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FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報告的詳細解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測序平臺編號，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
