你的代碼不對(duì)哎
R語言 向dataframe中添加一行或一列如何向R中的dataframe的某一位置添加一行（rbind函數(shù)）或一列向量（cbind函數(shù)） 插入一列 插入一行
發(fā)簡信
IP屬地：青海
-
-
單細(xì)胞測序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
-
bedtools----getfasta
getfasta可以根據(jù)BED/GFF/VCF文件提供的feature在染色體上的位置信息，從fasta中提取feature的堿基序列 bedtools getfasta [...
-
RNA-seq的標(biāo)準(zhǔn)化方法羅列
RNA-seq的標(biāo)準(zhǔn)化方法 對(duì)于RNA-seq而言茁帽，由于 技術(shù)誤差胆屿， 測序深度不同腋逆， 基因長度不同旁壮，為了能夠比較不同的樣本监嗜，比較不同的基因的表達(dá)量，以及使表達(dá)水品分布符合統(tǒng)計(jì)...
-
TCGA下載RNA-seq數(shù)據(jù)的區(qū)別
現(xiàn)UCSC xena已經(jīng)將TCGA數(shù)據(jù)匯總整理得很好了寡具，連表達(dá)矩陣都已轉(zhuǎn)換完成秤茅。但如果有心就會(huì)發(fā)現(xiàn)，UCSC上的RNAseq數(shù)據(jù)有3個(gè)下載鏈接童叠，以下將以cohort: TCG...
-
利用R包TCGAbiolinks進(jìn)行各種數(shù)據(jù)下載下載TCGA數(shù)據(jù)的方法有很多框喳，上一篇介紹了如何用gdc-client批量下載數(shù)據(jù)，基于網(wǎng)上有很多用TCGAbiolinks包下載數(shù)據(jù)的教程厦坛，所以也想學(xué)習(xí)一下這個(gè)方法五垮。TCGA...
-
R語言，循環(huán)：錯(cuò)誤控制 異扯沤眨控制
在R中放仗，循環(huán)如果出錯(cuò)，程序就會(huì)被kill掉撬碟。對(duì)于計(jì)算開銷較大的循環(huán)來說诞挨，這樣的錯(cuò)誤是難以忍受的。 一種方法是逐步地debug呢蛤，針對(duì)所有的情況都能提供處理方案惶傻，但是很費(fèi)心費(fèi)力；...
-
linux mint安裝最新R與R studio背景 之前將一臺(tái)老電腦重裝系統(tǒng)為linux mint的其障，也是為了學(xué)好linux 操作創(chuàng)造環(huán)境银室。 安裝R的時(shí)候，之前的想法就是conda托管R，所以直接創(chuàng)建了R的環(huán)境蜈敢，并安裝了...
-
R語言機(jī)器學(xué)習(xí)-caret介紹 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函數(shù)的集合辜荠，它試圖對(duì)創(chuàng)建預(yù)測模型的過程進(jìn)行流程化。本系列將就數(shù)據(jù)預(yù)處...
-
Cytoscape插件2：CytoHubbaCytoHubba:發(fā)現(xiàn)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵目標(biāo)和子網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)絡(luò)對(duì)呈現(xiàn)包括PPI，基因調(diào)控否过，細(xì)胞路徑和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等多種類型生物數(shù)據(jù)非常有用狱从。我們//+重要性，并且這也能幫助我們發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)中...
-
了解下載的TCGA數(shù)據(jù)的臨床情況
TCGA數(shù)據(jù)庫不僅僅存儲(chǔ)了測序數(shù)據(jù)叠纹，更為珍貴的是TCGA數(shù)據(jù)庫也存儲(chǔ)了相關(guān)的臨床信息，有了這些臨床信息敞葛，后續(xù)可以進(jìn)行多種分析誉察，可以進(jìn)行某個(gè)基因和臨床預(yù)后的相關(guān)性分析，根據(jù)臨床...
-
生信技能樹線上課程：RNA-seq寫在前面 很榮幸參加生信技能樹全國巡講-第一站-重慶站的RNA-seq線下培訓(xùn)課程惹谐。以下為線下課結(jié)合線上課所做的筆記持偏，希望能幫到你。 一些小練習(xí)題 下面開始RNA-seq流程...
-
免疫細(xì)胞組分 免疫基因 PD1 免疫治療biomarker
-
【CIBERSORT】超詳細(xì)卿叽，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析（初學(xué)者筆記）【CIBERSORT】超詳細(xì)，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析全過程(初學(xué)者筆記) cibersort是目前引用次數(shù)最多的免疫細(xì)胞浸潤估計(jì)分析工具恳守，2015年首次發(fā)表于nature me...
-
復(fù)現(xiàn)詳解：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤程度一 . 從GEO數(shù)據(jù)庫中下載表達(dá)矩陣文件 GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt考婴，把GSE112...
