生信小鵬 - 簡書

生信小鵬

IP屬地：陜西

癌癥細胞狀態(tài)的十年探索：單細胞RNA測序的啟示
引言在過去的十年里获黔，單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)徹底改變了我們對復雜生物系統(tǒng)的理解拓萌，尤其是在癌癥研究領(lǐng)域。癌癥作為一種由多種遺傳...

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腫瘤免疫新視野：揭秘CXCL13+ T細胞對免疫檢查點阻斷的響應
腫瘤免疫新視野：揭秘CXCL13+ T細胞對免疫檢查點阻斷的響應在免疫治療領(lǐng)域缝驳，探索腫瘤反應性T細胞對免疫檢查點阻斷（ICB）的響應機制一直是...

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批次將文件夾中的內(nèi)容讀入
使用for循環(huán) 使用for循環(huán)嘹害，依次讀入文件夾“input”中的文件豪墅，將讀入的數(shù)據(jù)放入一個list 使用lapply 函數(shù)

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單細胞分析（四）——數(shù)據(jù)讀入
要做單細胞分析到逊，尤其是從公司拿回數(shù)據(jù)铣口，或者從公共數(shù)據(jù)庫下載的數(shù)據(jù)，看起來眼花繚亂的分析結(jié)果觉壶，首先第一步就是要把數(shù)據(jù)先讀入脑题，才能有后續(xù)的結(jié)果和分析...

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單細胞分析（三）——細胞分群單獨展示
使用降維分析圖展示marker基因大部分單細胞分析，以及seurat package這個包給出的示例铜靶，也都是某一marker基因在降維分析之后...

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單細胞分析（二）——細胞注釋（SingleR自動注釋）
單細胞分析數(shù)據(jù)后叔遂，得到族群后，如何將族群進行細胞名稱注釋是重要的步驟。這里使用SingleR 進行簡單的自動注釋已艰。安裝需要的R包需要兩個包S...

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單細胞分析(一）——seurat包單個樣本處理
10X genomics的基本原理在這個教程中痊末，主要將分析 10X Genomics 免費提供的外周血單核細胞 (PBMC) 數(shù)據(jù)集。在 Il...

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報錯處理——object ‘CsparseMatrix_validate‘ not found
在使用Seurat進行單細胞分析時哩掺，使用FindNeighbors函數(shù)功能時舌胶，出現(xiàn)下面的報錯這是Matrix這個包有問題，需要更新Rtools...

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IMvigor210CoreBiologies的安裝以及數(shù)據(jù)獲取
關(guān)于這個包的相關(guān)介紹疮丛，作者在這個網(wǎng)站進行了介紹http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiolog...

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