寫(xiě)在前面 以前總看到問(wèn)題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問(wèn)題懦趋；現(xiàn)在則變成了啟動(dòng)子元件的預(yù)測(cè)或者說(shuō)可視化闯团。這本身比較簡(jiǎn)單辛臊，也比較玄乎，所以我一直不是太樂(lè)意與別人討論房交。但學(xué)院今天斷網(wǎng)彻舰，手上的...
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植物啟動(dòng)子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測(cè)-可視化分析 -
pheatmap熱圖技巧合集突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個(gè)選項(xiàng)了候味。是時(shí)候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個(gè)值得注意的參數(shù)刃唤，它旨在說(shuō)明你想...
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BUSCO - 組裝質(zhì)量評(píng)估BUSCO - 組裝質(zhì)量評(píng)估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 額。直譯的話就是普遍通用的單拷貝直...
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使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件白群，接觸這個(gè)軟件也是由于目前市場(chǎng)的軟件各有功能但是功能都不是很全尚胞，譬如最近接觸到一個(gè)RNAseq數(shù)據(jù)，質(zhì)量較差川抡，需要去除接頭而且含N較多辐真，序列...
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KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過(guò)eggnog-mapper和interproscan兩個(gè)軟件(或數(shù)據(jù)庫(kù))，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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測(cè)序了崖堤，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫(xiě)于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類(lèi)耐床，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫(kù)基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系密幔，以及基因與G...
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「Bioconductor」不要輕易相信AnnotationHub的物種注釋包
Bioconductor開(kāi)發(fā)的物種注釋包系列集合了一個(gè)物種不同來(lái)源的注釋信息，能夠根據(jù)基因ID對(duì)其進(jìn)行多種來(lái)源的注釋撩轰，比如說(shuō)基因的別名胯甩，基因的功能等。 我之前也寫(xiě)過(guò)一篇文章用...
個(gè)人介紹
剛?cè)腴T(mén)生物信息的研究僧堪嫂，目前就讀于海南大學(xué)偎箫，在中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院橡膠所進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，本簡(jiǎn)書(shū)賬號(hào)發(fā)布一些生信學(xué)生過(guò)程中的筆記與廣大生信人一起交流學(xué)習(xí)皆串。有問(wèn)題或者是交流請(qǐng)聯(lián)系郵箱:linxianzu1995@163.com