轉(zhuǎn)錄組分析一般通過比對或非比對的方法對基因表達(dá)進(jìn)行定量，得到一個(gè)樣本-基因表達(dá)矩陣用于下游數(shù)據(jù)分析世分。下游分析通常是進(jìn)行差異表達(dá)分析收捣，對差異基因進(jìn)行功能注視，如Gene Ont...
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Bulk RNA-seq上游分析流程（Salmon）
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R-下載某一條通路的所有基因名字（KEGG）實(shí)例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫中多巴胺通路相關(guān)的基因集 一屠列、確定目標(biāo)通路 打開KEGG選擇pathway啦逆，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關(guān)鍵詞笛洛。 篩選結(jié)果顯示僅有hsa04728...
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時(shí)候我們想看某一特定通路的富集情況夏志，這時(shí)就需要獲取該通路的基因集。 一苛让、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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Seurat單細(xì)胞分析常見代碼-01
1.如何通過Seurat對象獲取細(xì)胞對應(yīng)的坐標(biāo)? 2.如何通過Seurat對象獲取原始表達(dá)數(shù)據(jù)? 3.提取特定基因陽性表達(dá)的細(xì)胞沟蔑？ 4.修改tsne/umap圖的配色 5.查...
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Cre-LoxP條件性基因編輯系統(tǒng)--學(xué)習(xí)筆記背景 Cre/LoxP系統(tǒng)來源于F1噬菌體，是非常經(jīng)典有效的基因編輯技術(shù)狱杰。 1. 什么是Cre Cre重組酶(cyclizationrecombination)瘦材，它是一種由3...
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Cre小鼠的簡介與應(yīng)用1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應(yīng)用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
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流式細(xì)胞儀分析技術(shù)及應(yīng)用在2019年的三月份我正式開始做單細(xì)胞相關(guān)研究工作颁湖，有趣的同時(shí)也是朋友我們經(jīng)常誤會(huì)的是：你是不是用流式細(xì)胞術(shù)宣蠕？而我在得知自己要做這單細(xì)胞（single cell ）的研究時(shí)，...
