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R數(shù)據(jù)可視化4: PCA和PCoA圖其實不論是PCoA還是PCA圖均是用散點圖來展示結(jié)果PCoA和PCA的結(jié)果京腥，PCoA和PCA準確來講是數(shù)據(jù)降維分析方法。順便值此佳節(jié)溅蛉，祝福各位和“科研”都能夠擁有幸福時光和美...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié): qiime2-2019.1本次筆記內(nèi)容：qiime2-2019.1的16s分析流程队塘，以沒有barcode，以demultiplexed的fastq文件為input.同微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小...
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Qiime2小bug
這些小bug折磨了我兩天時間才解決宜鸯，決定以后跑流程要洗心革面憔古，從原始數(shù)據(jù)就得仔仔細細欣賞，每一個參數(shù)盡量搞懂顾翼，能用google搜錯的一定不用百度投放。每逢demux summar...
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DU7：如何對小RNA測序數(shù)據(jù)進行長度分布統(tǒng)計小RNA測序數(shù)據(jù)長度分布規(guī)律：1、24nt>21nt>22nt>23nt2盐肃、>60%數(shù)據(jù)在20-24nt之間 一爪膊、數(shù)據(jù)為fasta格式，首先寫一個腳本統(tǒng)計各種長度的sRNA的...
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16S從實驗到數(shù)據(jù)分析最全流程文中會對遇到的問題進行解答砸王，圖表部分也做了比較詳細的說明推盛，對初學(xué)者比較友好，當(dāng)然知道實驗部分會讓你對數(shù)據(jù)如何得來的有一個整體的把握谦铃，知其然而知其所以然耘成，分析和解釋數(shù)據(jù)起來會更...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準確率和效率。Trimmomatic 是...
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代謝組學(xué)如何結(jié)合16S 測序與宏基因組測序首先瘪菌，目前腸道微生物聯(lián)系最緊密的三種代謝產(chǎn)物是氨基酸件豌、短鏈脂肪酸或膽汁酸，以這三種代謝產(chǎn)物做靶向檢測與微生物組學(xué)做關(guān)聯(lián)分析也占絕大多數(shù)控嗜。否則茧彤，便需利用代謝組廣篩方法，得到差異...
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BioCyc數(shù)據(jù)庫簡介一疆栏、介紹 1.BioCyc BioCyc是代謝途徑的數(shù)據(jù)庫集合曾掂，集合中的每個數(shù)據(jù)庫描述了單個生物體的基因組和代謝途徑（MetaCyc是來自代謝途徑的參考來源），包括反應(yīng)壁顶、酶珠洗、...
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