發(fā)簡信
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以術治病，何以醫(yī)心厚宰？
管的病人中一個46歲的中年女人谣拣，右前臂和頭皮處各有一處包塊碑韵，我一開始很疑惑撬讽，從他的檢查報告來看蕊连，包塊的性質其實定期檢查就可以，但是這個病人堅持要...
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骨關節(jié)炎——衰老和骨關節(jié)炎1前言 全球壽命的增加反過來又增加了骨關節(jié)炎的患病率游昼，而骨關節(jié)炎是目前最常見的關節(jié)炎類型甘苍。骨關節(jié)炎期間，位于關節(jié)關節(jié)上的軟骨組織會腐蝕烘豌，從而引起疼...
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完整的單細胞分析流程——特征（基因）選擇
背景 我們經(jīng)常在探索性分析中使用scRNA-seq數(shù)據(jù)來表征細胞間的異質性载庭。諸如聚類和降維之類的過程會根據(jù)細胞的基因表達譜對細胞進行比較，這涉及...
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完整的單細胞分析流程——數(shù)據(jù)標化（normalization）
動機 通常在單細胞RNA測序數(shù)據(jù)中觀察到文庫之間測序覆蓋率的系統(tǒng)差異扇谣。它們通常是由細胞間的cDNA捕獲或PCR擴增效率方面的技術差異引起的昧捷，這歸...
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完整的單細胞分析通用流程——質控質控 scRNA-seq數(shù)據(jù)中的低質量文庫可能有多種來源闲昭，例如解離過程中的細胞損傷或文庫制備失敼拚（例如無效的逆轉錄或PCR擴增）。這些通常表現(xiàn)為...
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完整的單細胞分析通用流程——從數(shù)據(jù)到可視化概述 本章概述了典型的scRNA-seq分析工作流程的框架（圖1）序矩。 隨后將更詳細地描述每個分析步驟鸯绿。 實驗設計 在開始分析本身之前，對實驗設計...
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完整的單細胞分析流程——理解你的單細胞分析之數(shù)據(jù)結構背景介紹 Bioconductor項目的主要優(yōu)勢之一在于使用通用數(shù)據(jù)基礎結構簸淀，該數(shù)據(jù)基礎結構可實現(xiàn)跨越R包的相互操作性瓶蝴。 用戶應該能夠使用來自不...
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反卷積法推斷bulk RNA數(shù)據(jù)中的細胞組成
整體思路：細胞相互作用的復雜網(wǎng)絡支配免疫系統(tǒng)與腫瘤細胞之間的互動，了解實體瘤的特定免疫細胞組成租幕，對于預測患者對免疫療法有何反應顯得至關重要舷手。在這...
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clusterProfiler花式用法
Chapter 3 Universal enrichment analysis clusterProfiler supports both hy...