@宇軒_4590 具體是哪些地方報錯呢？
完整的單細胞分析流程——理解你的單細胞分析之數(shù)據(jù)結(jié)構背景介紹 Bioconductor項目的主要優(yōu)勢之一在于使用通用數(shù)據(jù)基礎結(jié)構夫啊，該數(shù)據(jù)基礎結(jié)構可實現(xiàn)跨越R包的相互操作性函卒。 用戶應該能夠使用來自不同Bioconductor軟件...
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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這部分包含很多內(nèi)容报嵌，且有的很長。 現(xiàn)在不會再去翻譯這些插件等的使用了 或許就是當時翻譯就是為了以后不翻譯
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以術治病熊榛，何以醫(yī)心锚国？
管的病人中一個46歲的中年女人，右前臂和頭皮處各有一處包塊玄坦，我一開始很疑惑血筑，從他的檢查報告來看，包塊的性質(zhì)其實定期檢查就可以煎楣，但是這個病人堅持要切除豺总。這種小包塊其實在門診手術...
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骨關節(jié)炎——衰老和骨關節(jié)炎1前言 全球壽命的增加反過來又增加了骨關節(jié)炎的患病率，而骨關節(jié)炎是目前最常見的關節(jié)炎類型择懂。骨關節(jié)炎期間喻喳，位于關節(jié)關節(jié)上的軟骨組織會腐蝕，從而引起疼痛并可能導致患者功能嚴重喪失困曙。...
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完整的單細胞分析流程——特征（基因）選擇
背景 我們經(jīng)常在探索性分析中使用scRNA-seq數(shù)據(jù)來表征細胞間的異質(zhì)性赂弓。諸如聚類和降維之類的過程會根據(jù)細胞的基因表達譜對細胞進行比較绑榴，這涉及將每個基因的差異匯總為一對細胞...
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完整的單細胞分析流程——數(shù)據(jù)標化（normalization）
動機 通常在單細胞RNA測序數(shù)據(jù)中觀察到文庫之間測序覆蓋率的系統(tǒng)差異。它們通常是由細胞間的cDNA捕獲或PCR擴增效率方面的技術差異引起的盈魁，這歸因于用最少的起始材料難以實現(xiàn)一...
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@7bd0933dc251 應該是內(nèi)存不夠
單細胞分析seurat包學習筆記2
不同數(shù)據(jù)集聯(lián)合分析 選擇了通過四種技術產(chǎn)生的人胰島細胞數(shù)據(jù)集：CelSeq（GSE81076) CelSeq2（GSE85241）翔怎，F(xiàn)luidigm C1（GSE86469）...
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完整的單細胞分析通用流程——質(zhì)控質(zhì)控 scRNA-seq數(shù)據(jù)中的低質(zhì)量文庫可能有多種來源赤套，例如解離過程中的細胞損傷或文庫制備失敗（例如無效的逆轉(zhuǎn)錄或PCR擴增）珊膜。這些通常表現(xiàn)為總計數(shù)低容握，表達的基因很少，線粒...
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完整的單細胞分析通用流程——從數(shù)據(jù)到可視化概述 本章概述了典型的scRNA-seq分析工作流程的框架（圖1）车柠。 隨后將更詳細地描述每個分析步驟剔氏。 實驗設計 在開始分析本身之前塑猖，對實驗設計進行一些討論可能會有所幫助。最...
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完整的單細胞分析流程——理解你的單細胞分析之數(shù)據(jù)結(jié)構背景介紹 Bioconductor項目的主要優(yōu)勢之一在于使用通用數(shù)據(jù)基礎結(jié)構谈跛，該數(shù)據(jù)基礎結(jié)構可實現(xiàn)跨越R包的相互操作性羊苟。 用戶應該能夠使用來自不同Bioconductor軟件...
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R數(shù)據(jù)可視化5:熱圖Heatmap最近休息了幾天。沒有來得及更新感憾。今天我們來講一講熱圖怎么繪制 什么是熱圖(Heatmap) 熱圖是一個以顏色變化來顯示數(shù)據(jù)的矩陣蜡励。Toussaint Loua在1873年就曾...
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與致病癌癥相關的代謝通路
1. Akt/PKB Signaling Pathway Akt也被稱為蛋白激酶B(protein kinase B，PKB)阻桅，是一種分子量約為60kDa的絲/蘇氨酸蛋白激酶...
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分析時間序列的RNA-seq tool簡介 maSigPro凉倚，這是一款可以綜合分析時間序列RNA-seq的工具。這款工具最初由Conesa等人于2006年開發(fā)嫂沉，于2014年經(jīng)Nueda等人進一步優(yōu)化而得到的 那么...
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分析技術 | 建立預測模型及模型的ROC曲線繪制2020/5/27稽寒，受一名同學所托，為他的腫瘤Hub基因分析文章做一個預測模型和模型的ROC曲線输瓜、AUC值來驗證Hub基因的可靠性瓦胎。如果Hub基因有意義的話芬萍，用Hub基因作為...
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??[可視化|R包]ComplexHeatmap學習筆記②Making A Single HeatmapComplexHeatmap學習筆記①Introduction to ComplexHeatmap package Making A Single Heatmap 單熱圖(A...
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Augur || 尋找最先對實驗條件做出響應的細胞亞群我們提出了Augur尤揣，一種在單細胞數(shù)據(jù)中對生物擾動最敏感的細胞類型進行優(yōu)先排序的方法。Augur采用了一個機器學習框架來量化高維空間中擾動細胞和未擾動細胞的可分離性柬祠。我們在單...
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SCENIC: 單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡和細胞功能聚類作者：ahworld鏈接：SCENIC | 以single-cell RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡和細胞功能聚類)來源：微信公眾號著作權歸作者所有北戏，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)...
