1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
發(fā)簡(jiǎn)信
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總 -
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好，今天周一杈湾，做一個(gè)簡(jiǎn)單的匯總，主要針對(duì)基因集打分攘须，無(wú)論是單細(xì)胞還是空間漆撞，基因集打分都很普遍，方法也很多于宙，我們來(lái)總結(jié)一下浮驳。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，整...
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R語(yǔ)言多因素cox回歸構(gòu)建預(yù)測(cè)模型殺殺 （第一步不作贅述限煞，一般會(huì)使用單因素cox或者尋找差異基因等方法抹恳，篩選與生存相關(guān)的分子，準(zhǔn)備進(jìn)行下一步的模型構(gòu)建） 本篇舉例是篩選了12個(gè)單因素cox與生存顯著相關(guān)的分子...
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單細(xì)胞細(xì)胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個(gè)細(xì)胞比例差異 比較直觀署驻，但是缺點(diǎn)在于如果單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)過(guò)少且異質(zhì)性大奋献，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個(gè)，我的...
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TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測(cè)和評(píng)估生存模型的構(gòu)建方法包括：1. Lasso回歸旺上；2. Cox多因素回歸瓶蚂；3. 隨機(jī)森林；4. 支持向量機(jī) 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨(dú)做模型構(gòu)建宣吱，也...
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使用randomForest包進(jìn)行隨機(jī)森林分析1. 簡(jiǎn)介 隨機(jī)森林是機(jī)器學(xué)習(xí)中的一種分類算法窃这，這個(gè)算法在之前分享的TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測(cè)和評(píng)估[http://www.reibang.com/p/334254...
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ggplot2自定義函數(shù)方法
ggplot2自定義函數(shù)方法 前言：（百年更新，太懶了實(shí)在）最近寫R包和平常使用的時(shí)候征候，有的時(shí)候想快速畫一個(gè)自己定義好的圖杭攻，每一次都要一長(zhǎng)串代碼祟敛，有點(diǎn)不是很方便，于是想編寫一...
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R語(yǔ)言KEGG通路信息下不下來(lái)怎么辦
殺殺報(bào)錯(cuò)信息：Error in download.KEGG.Path(species): 'species' should be one of organisms l 再運(yùn)行...
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服務(wù)器Jupyter Notebook和Samba的安裝及部署——by不是殺殺Samba是在Linux和UNIX系統(tǒng)上實(shí)現(xiàn)SMB協(xié)議的一個(gè)免費(fèi)軟件兆解，由服務(wù)器及客戶端程序構(gòu)成（來(lái)自百度百科）馆铁，簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)它可以實(shí)現(xiàn)服務(wù)器端（Linux）與Wi...
