240 發(fā)簡信
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    ATAC-seq分析

    ATAC-seq分析 所用到的軟件和ChIP-seq一樣援岩,所以直接在ChIP環(huán)境下進行即可 MD5值校驗 用trim-galore軟件質控過濾榜揖,然后直接fastqc 輸入以下...

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    2022-08-01

    ChIP-seq分析 創(chuàng)建小環(huán)境 安裝軟件 數(shù)據(jù)下載 數(shù)據(jù)轉換髓介,sra格式轉換為fastq格式 |單個命令如下 過濾,用trim-galore軟件筋现,直接fastqc 因為文件...

  • 我的不行哎

    Xshell6和Xftp6 破解免安裝版唐础,無窗口多開限制

    上班第一天發(fā)現(xiàn)xshell6評估已過期,網上搜索破解版基本都是免費版的破解矾飞,有窗口多開限制一膨,而且安裝包相對較大,費了1個小時才找到一個免安裝綠色破解版的xshell6和xft...

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    轉錄組上游流程

    一.安裝miniconda/annaconda 1.下載 2.安裝 3.確認安裝成功 調出幫助文檔 4.配置鏡像(安裝一次配置一次即可) 二洒沦、創(chuàng)建小環(huán)境 創(chuàng)建 conda c...

  • linux基礎(2)

    環(huán)境變量 在某一環(huán)境的變量豹绪,比如登錄時的當前環(huán)境。投遞任務時的環(huán)境變量以及賦值的變量等申眼。能在環(huán)境中取到的變量內容瞒津!可以清空、賦值變量避免賦值PATH括尸,避免大小寫亂用 目錄 根...

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    2019-07-23(Linux基礎)

    Markdown 語法 typora文檔 見pdf文件 插入標題:### 加空格 加文字插入代碼塊:Rimage.pngimage.png插入引言 > l...

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    2019-07-21日學習總結

    array與循環(huán) array 數(shù)組是矩陣的集合?array(data = NA, dim = length(data), dimnames = NULL)?維度:二維或以上?...

  • 2019-07-20學習總結

    step_1 創(chuàng)建向量 函數(shù)c() 巷蚪、 sep() 、 rep() 濒翻、 paste() 屁柏、 paste0() step_2 索引 可以用位置啦膜、名字、邏輯值進行索引 step_...

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    2019-07-18聽課總結

    內容 ? 循環(huán)-數(shù)組|數(shù)據(jù)框? 循環(huán)-因子? 循環(huán)-while| if else? 數(shù)據(jù)處理-排序|集合|長寬? 字符操作及其他 心得: 聽曉娟老師的課程淌喻,總有一種豁然開朗的...

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    表達矩陣log后進行差異分析

    關于limma包差異分析結果的logFC解釋 http://www.bio-info-trainee.com/1209.html 首先僧家,我們要明白,limma接受的輸入參數(shù)就...

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    實戰(zhàn)

    首先在NCBI里找到該文章的GSE編號:GSE5282 step_1 數(shù)據(jù)下載 提取表達矩陣 提取臨床信息,用pData函數(shù) step_2 獲得分組信息 step_3 主成分...

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    GEO數(shù)據(jù)庫挖掘(2)

    一裸删、統(tǒng)計學相關知識 首推參考推文:https://mp.weixin.qq.com/s/OtB2h6f00U2SRZLzveJKfQ 數(shù)據(jù)整理的一般描述 1八拱、關于百分位數(shù)的理...

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    GEO數(shù)據(jù)庫挖掘

    統(tǒng)計學基本概念 四分位數(shù)(Quartile) 統(tǒng)計學中,把所有數(shù)值由小到大排列并分成四等份烁落,處于三個分割點位置的數(shù)值就是四分位數(shù)乘粒。第一,四分位數(shù) (Q1)伤塌,又稱“較小四分位數(shù)...

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    2019-07-06學習總結

    GEOquery包使用說明書 http://www.reibang.com/p/0d32fd410bcf 作業(yè)6 問題 pheatmap::pheatmap(dat,sca...

  • 零碎知識點總結

    NO.1 R中自帶數(shù)據(jù)集:內置數(shù)據(jù)集安裝的R包中帶的數(shù)據(jù)集:外置數(shù)據(jù)集

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    2019-07-05學習總結

    作業(yè)3 找到R包CLL內置的數(shù)據(jù)集的表達矩陣里面的TP53基因的表達量灯萍,并且繪制在 progres.-stable分組的boxplot圖答案如下: ID轉換:在ids文件中,...

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    學習總結

    時間:2019.7.4內容:初級題與中級題 分組 頻數(shù)圖 使用ggplot2畫圖 箱圖 頻數(shù)圖 密度圖 使用ggpubr作圖 箱圖 頻數(shù)圖 密度圖 隨機取384個MBases...

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