本文共分3部分。 首先介紹一下copyKAT原理和使用方法响蕴。然后提出一個關于細胞過濾的問題并巍。最后提出一個解決問題的方法供參考。 1.copyKAT及使用簡介 copyKAT是...
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用copyKAT推斷腫瘤細胞CNV及解決細胞過濾問題 -
edgeR教程里是不是少了一步標準化
沒有生物學重復的轉錄組數(shù)據(jù)怎么進行差異分析辫继？
設置生物學重復這個環(huán)節(jié)也是你實驗設計很重要的一part怒见，設置的好對你下游分析也有利，通常我們做轉錄組測序姑宽，需要的樣本量每組至少為3個生物學重復遣耍，這個處理起來就很合理，并且現(xiàn)在...
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R語言學習筆記 -- ggplot2 繪制單側誤差線采用ggplot2繪制誤差線默認是上下兩個方向均繪出炮车，但有時對于柱狀圖只顯示一個方向的誤差線效果更好舵变。想要實現(xiàn)這一目的，可以修改geom_errorbar的ymax/ymin...
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HZAU植科院農(nóng)學本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學院生信專業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國內某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對爬蟲、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡書不定時查看扛或，有需要歡迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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【工具】ChatGPT 國內如何體驗呢ChatGPT在不久前突然出現(xiàn)在網(wǎng)絡和朋友圈中绵咱，引起了眾多人的關注。 它是美國“開放人工智能研究中心”研發(fā)的聊天機器人程序熙兔，比微軟小冰悲伶、小愛同學、Siri等更聰明黔姜、更強大拢切。 ...
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這東西只能做一個簡單的輔助
ChatGPT 做生信靠譜嗎？
火遍全球的ChatGPT真的靠譜嗎秆吵？ 我們來看看它自己怎么說： ChatGPT是一款基于自然語言處理（NLP）技術的聊天機器人淮椰，它可以幫助用戶實現(xiàn)自動聊天。它可以根據(jù)用戶的輸...
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單細胞轉錄組測序中的降維和聚類前言 在以往常規(guī)轉錄組測序中，由于實驗生物學重復主穗，同組內測序得到的數(shù)據(jù)是接近的泻拦，通過簡單的線性降維PCA主成分分析法，即可得到想要的可視化結果（組內樣本聚集忽媒，組間樣本分離）争拐。...
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dior和diopy這個一個R包一個python模塊闹瞧，可以很方便的轉化上訴格式
Converting from Seurat to AnnData via h5Seurat
從rds格式到h5格式https://mojaveazure.github.io/seurat-disk/articles/convert-anndata.html[http...
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不知作者有沒有遇到這種情況绑雄？設置了30個核心但是會占滿服務器所有的核心
future——加速你的單細胞分析
由于單細胞數(shù)據(jù)本身就具有數(shù)據(jù)量大的特點，所以在進行單細胞數(shù)據(jù)分析時往往會出現(xiàn)運行時間太長的問題奥邮。 不過好在 Seurat 為我們提供了部分函數(shù)與 future 并行計算的鏈接...
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單細胞轉錄組功能分析（超詳細clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此曲聂，功能分析在單細胞分析中相當重要. 功能分析的方法很多霹购，這兒我們主要講述3種功能分...
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軌跡推斷、擬時序分析trajectory inference (TI) methods, also called pseudotime analysis 在發(fā)育朋腋、受到刺激等生命過程中齐疙，細胞無時不...
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單細胞兩個數(shù)據(jù)集之間的比較：scmap1 Introduction 隨著越來越多的scRNA-seq數(shù)據(jù)集的產(chǎn)生，在它們之間進行比較就顯得非常關鍵俩由。一個核心的應用是比較不同實驗室收集的類似生物來源的數(shù)據(jù)集毒嫡，以確保...
