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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF番官，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過(guò)SCENIC的使用，這兒斤斧，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問(wèn)題做一個(gè)詳細(xì)的講解說(shuō)明切厘，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用S...
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單細(xì)胞輔助注釋工具-SingleR很多做單細(xì)胞的研究者都提出過(guò)這個(gè)問(wèn)題拦宣，是否有直接的功能能對(duì)單細(xì)胞直接進(jìn)行注釋，而不是繁瑣的參看文獻(xiàn)泳叠，搜索marker作瞄，人為對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行注釋。單細(xì)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會(huì)涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異危纫，因此宗挥，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy-多樣本整合和Seurat一樣，Scanpy也提供了多樣本空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat-多樣本整合（淺談空間批次）單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞分析類似种蝶，不可避免的會(huì)遇到多樣本的問(wèn)題契耿，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合，對(duì)于癌癥螃征、免疫搪桂、腫瘤免疫相互作用，組織微環(huán)境，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域踢械，有著令人期待的應(yīng)用前景酗电。 單細(xì)胞的一切分析，加...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat將空間位置信息和轉(zhuǎn)錄組分析相結(jié)合内列，對(duì)于癌癥撵术、免疫、腫瘤免疫相互作用话瞧，組織微環(huán)境嫩与，神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域，有著令人期待的應(yīng)用前景交排。 而作為單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組必...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 樣本整合分析處理單細(xì)胞不可避免的一個(gè)問(wèn)題就是樣本整合問(wèn)題划滋。那如何將不同器官，不同測(cè)序平臺(tái)埃篓，不同物種之間的單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析呢处坪？Scanpy使用pytho...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時(shí)序分析什么是擬時(shí)序分析？擬時(shí)序（pseudotime）分析架专，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析稻薇，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分...