count normalization的方法 這應(yīng)該會(huì)是一個(gè)小系列，我會(huì)簡(jiǎn)單介紹下現(xiàn)在的一些count normaliztion的方法肖抱，以及對(duì)應(yīng)的代碼解釋叛拷、思考，從而最后得出...
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count normalization的方法
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標(biāo)準(zhǔn)化方法表達(dá)矩陣標(biāo)準(zhǔn)化是差異分析的第一步，關(guān)于為什么需要標(biāo)準(zhǔn)化及常用的標(biāo)準(zhǔn)化的方法有哪些的一篇筆記。 參考文章 為什么需要標(biāo)準(zhǔn)化曲掰？ 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序采取的打斷基因序列獲得基因測(cè)序的片段奈辰，再...
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精準(zhǔn)大海撈針--CRISPR screening專題由于Addgene的篇幅太長(zhǎng)，因此決定分為至少兩個(gè)部分來(lái)介紹奖恰。上期：來(lái)自Addgene的CRISPR指南（1）參考：CRISPR Guide 由于這個(gè)部分已經(jīng)不是簡(jiǎn)單的看CR...
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DNA-RNA互作檢測(cè)技術(shù)
作者：馬可菠蘿審稿：童蒙編輯：angelica 引言 隨著Hi-C技術(shù)的建立和發(fā)展，越來(lái)越多的技術(shù)可以用于DNA-DNA相互作用的研究瑟啃，類似的RNA-RNA相互作用檢測(cè)技術(shù)業(yè)...
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全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的鑒定
作者：Arno審稿：童蒙編輯：angelica 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Isoform-sequencing，Iso-seq）基于PacBio單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)（SMRT cell）...
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TCGA甲基化數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和差異分析（使用ChAMP包）參考文章：1.甲基化芯片入門學(xué)習(xí)-ChAMP包（二）2.TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的癌癥甲基化芯片數(shù)據(jù)重分析3.TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控和過(guò)濾4.甲基化芯片數(shù)據(jù)的差異分析5.甲基化芯片...
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liftover基因組轉(zhuǎn)換中的bed文件
今天用liftover做基因組轉(zhuǎn)換的時(shí)候屁奏，hg38轉(zhuǎn)hg19错负，所有的位點(diǎn)都轉(zhuǎn)失敗了坟瓢。看到提示為“#Deleted in new”犹撒。一般這個(gè)錯(cuò)誤為是由于hg19 (要轉(zhuǎn)換的基因...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄多樣性是發(fā)育潛能的一個(gè)標(biāo)志
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄多樣性是發(fā)育潛能的一個(gè)標(biāo)志 本篇文章首發(fā)于單細(xì)胞天地 單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）是重建細(xì)胞分化軌跡的有力方法。然而识颊，同時(shí)推斷分化的狀態(tài)與方向是一項(xiàng)具有挑...
