作者：童蒙編輯：angelica 代碼解讀scanpy又來(lái)啦毡琉，不要錯(cuò)過(guò)～～今天我們講的是：高可變基因的篩選稻励。 函數(shù) scanpy.pp.highly_variable_gen...
發(fā)簡(jiǎn)信
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使用scanpy進(jìn)行高可變基因的篩選
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scATAC數(shù)據(jù)分析的正確打開(kāi)方式-Signac
簡(jiǎn)介 單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)是近十年最偉大的科學(xué)進(jìn)展之一其垄，其涵蓋多方面的內(nèi)容。scRNA-seq想必大家都較為熟悉，但是scATAC-seq出現(xiàn)在大家印象中的次數(shù)并不多，但是這種現(xiàn)象...
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單細(xì)胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理一直以來(lái)都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling胳徽，以及counts矩陣的關(guān)系，本文就來(lái)梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后爽彤，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣养盗，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣适篙。修改Defau...
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Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)（更新版）更多重要函數(shù)見(jiàn)：Seurat重要命令匯總[http://www.reibang.com/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數(shù)總結(jié) 在使用R語(yǔ)言進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)...
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SCTransform：?jiǎn)渭?xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個(gè)函數(shù)用來(lái)對(duì)數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化往核，并且這一個(gè)函數(shù)可以代替三個(gè)函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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一網(wǎng)打盡scRNA矩陣格式讀取和轉(zhuǎn)化(h5 h5ad loom)??scRNA矩陣存儲(chǔ)的文件格式有10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)、h5嚷节、h5ad聂儒、loom：10X單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)cellranger處理后會(huì)得到矩陣的三個(gè)文件：matrix.mtx...
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技術(shù) | 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序之10x Genomics10X Genomics 是一個(gè)綜合的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)平臺(tái)，可以應(yīng)用于多種單細(xì)胞測(cè)序上硫痰，包括Single cell gene expression, Single cell I...
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