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建立查詢 project:腫瘤種類。可用TCGAbiolinks:::getGDCprojects()$project_id 查詢可填的值data.category，用TCG...

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箱線圖 boxplot育韩，一行兩列圖 相關分析圖

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1筋讨、建模 2、畫圖 3摸恍、保存

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1壁袄、log2轉換判斷執(zhí)行 2、差異分析結果標記（1） 3媚媒、差異分析結果標記（2） 4.表達矩陣PCA繪圖 5.基因注釋 6.limma包差異基因分析 7嗜逻、RNAseq數據轉換

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基本思想：1、有些ensembl id里包含"."缭召，按目前說法需要去掉2栈顷、用clusterprofiler包進行ID轉換逆日，然后向表達矩陣進行注釋，定義成函數萄凤，以后更省事室抽。

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1.讀入保存的表達矩陣數據 2.獲取GPL文件并注釋 3.數據檢驗和質控 4.聚類圖和PCA圖 5.差異分析 6.基因篩選 7.繪制火山圖 8.繪制熱圖

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1、starBase 一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標數據庫,包...

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設置好gse_id和工作目錄噩死，基本全自動

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設置好gse_id和工作目錄

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芯片數據質控 1.前后對比箱線圖 2.提琴圖 3.密度圖 4.聚類圖1 5.PCA圖1 6.處理批次效應 7.再次查看聚類圖 8.再次作圖PCA 9.后續(xù)處理 質控處理完畢颤难，...