發(fā)簡(jiǎn)信
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根據(jù)基因間相關(guān)性系數(shù)R進(jìn)行GSEA富集分析
根據(jù)rawdata算出來(lái)FPKM唠亚，然后進(jìn)行單個(gè)基因與其他基因之間相關(guān)性的計(jì)算 轉(zhuǎn)置后文件內(nèi)容為：縱坐標(biāo)是樣本名稱(chēng)，橫坐標(biāo)是不同基因的Ensembl 這樣就算好了基因間的相關(guān)性...
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根據(jù)RNA-seq差異基因進(jìn)行GSEA分析如果你覺(jué)得GO或KEGG不夠解釋?zhuān)蛟S可以試試GSEA 具體內(nèi)容參考這篇[https://blog.csdn.net/weixin_45822007/article/deta...
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根據(jù)rawdata算FPKM
1. 先準(zhǔn)備好外顯子 參考這篇[http://www.reibang.com/p/4afbdc8fd8ed] 2. 因?yàn)槲业膔awdata基因名字是symbol摇邦，所以需要名...
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@Aji 無(wú)重復(fù)樣本可以看看我寫(xiě)過(guò)的兩篇 GFOLD摸索 和 CORNAS摸索
RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋
請(qǐng)一定看這里：寫(xiě)下來(lái)只是為了記錄一些自己的實(shí)踐恤煞，當(dāng)然如果能對(duì)你有所幫助那就更好了屎勘，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
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ImageJ——共標(biāo)細(xì)胞計(jì)數(shù)
參考這篇 基本操作都差不多~[https://zhuanlan.zhihu.com/p/99842799]工具：Fiji（包含更多插件的ImageJ） 個(gè)人感覺(jué)比普通的Ima...
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RNA-seq摸索：4.2 rawdata差異分析的一些圖參考這篇：拿到基因表達(dá)矩陣之后的那點(diǎn)事(三)[http://www.reibang.com/p/985672e00585]DESeq2詳細(xì)用法[https://www.ji...
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本科畢業(yè)于浙江大學(xué)概漱，碩士畢業(yè)于復(fù)旦大學(xué)丑慎，浙大讀博ing。<br>如果沒(méi)有及時(shí)回復(fù)可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com
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shinyGEO分析GEO數(shù)據(jù)參考這篇 但是參考文章里這兩句語(yǔ)句↑在R升級(jí)后已經(jīng)不能這么寫(xiě)了，改為↓ 然后運(yùn)行 但是我運(yùn)行后一直在loading竿裂，遂放棄?? 所以我還是選擇了網(wǎng)頁(yè)版玉吁，時(shí)好時(shí)壞吧
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ggplot2相關(guān)Q&A（持續(xù)更新）
Q1：geom_text_repel()函數(shù)給點(diǎn)圖上的點(diǎn)添加標(biāo)簽，但是圖例中的色塊中出現(xiàn)字母"a"腻异？ A1：在 函數(shù)中加一句 进副，也就是寫(xiě)成下方
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一些tips（可能會(huì)持續(xù)更新）
一：合并文件 目的是：合并兩個(gè)文件解決方法：用merge合并兩個(gè)文件，通過(guò)相同的列名Gene_Symbol 生成的文件會(huì)在原本的列名后加上.x悔常、.y區(qū)分原來(lái)屬于哪個(gè)文件.x表...
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用R中iheatmapr畫(huà)交互式heatmap我之前寫(xiě)過(guò)一篇用R中pheatmap畫(huà)heatmap這篇實(shí)踐一種交互式的方法 iheatmapr參考這里：iheatmapr包：可交互的熱圖繪制方法——生信寶典iheatma...
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R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID影斑、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無(wú)參考基因組該怎么辦机打，值得一看 簡(jiǎn)單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開(kāi)頭...
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R包biomaRt: 轉(zhuǎn)換ID矫户、注釋基因、GO通路從我寫(xiě)的RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋中提取出來(lái)這部分残邀，方便以后修改補(bǔ)充 參...
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試試 BiocManager::install("biomaRt") 皆辽？
RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)
============================================寫(xiě)在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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