早睡早

peak_count進行分析有推薦教程嗎？

單細胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理

一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件梆惯、peak calling酱鸭，以及counts矩陣的關系，本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...

江灣青年

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早睡早

請問博主垛吗，可以直接用peak_count進行分析嗎凹髓？

單細胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理

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江灣青年

6562 7 11

早睡早

請問博主是钥，單細胞一個GSM（即一個生物學重復），雙端測序缅叠，有兩個SRR（即兩個copy）悄泥，后續(xù)cellranger怎么處理？

判斷單雙端測序文件

在GEO或者SRA上下載數(shù)據(jù)時候肤粱，我們往往需要區(qū)分單雙端數(shù)據(jù)每一個GSM號代表一個生物學重復的樣本（該例子為GSM1664614） layout若是標注了paired弹囚，則代表...

小潤澤

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早睡早

等博主更新后續(xù)可視化

四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06

適用背景 單細胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡分析是單細胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程领曼，具體原理和內(nèi)容不展開鸥鹉，主要展示代碼復現(xiàn)流程。R的SCE...

黃甫一

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