IP屬地：浙江
-
scanpy 構(gòu)建假細(xì)胞 2024-11-22
python 將多個細(xì)胞的表達(dá)量合并成一個假細(xì)胞的表達(dá)量。
-
Python和R開啟多線程2024-09-05
Python 控制多線程 Python的apply并行運算pandarallel模塊 R 控制多線程
-
Scanpy 計算DEG格式轉(zhuǎn)換 2024-09-05
用慣了Seurat計算DEGs壳炎，使用Scanpy進(jìn)行計算得到的格式會很不適應(yīng)，可讀性有點差雨女，因此可以使用以下函數(shù)進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換，并且根據(jù)FC進(jìn)行了...
-
記錄shell常用操作 2024-08-19
檢查文件是否存在 同步文件命令 創(chuàng)建數(shù)組和模糊搜索文件 標(biāo)準(zhǔn)打印內(nèi)容到指定文件 也可以直接使用echo 交互輸入?yún)?shù) 根據(jù)文本生成報告 簡易fo...
-
單組火山圖和多組火山圖展示差異表達(dá)基因（DEGs） 2023-10-12前言 在各種RNA測序數(shù)據(jù)中速客，我們幾乎都避不開差異表達(dá)基因（DEGs）的分析戚篙。我們可以用氣泡圖，提琴圖和熱圖等展示不同細(xì)胞亞群或樣本的差異基因表...
-
使用clusterProfiler進(jìn)行基因集富分析兩個函數(shù)就夠了 2023-09-12背景 做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析時溺职，通過找差異基因可以得到很多基因集岔擂，一方面我們需要看這些基因集的相對表達(dá)量是否顯著上/下調(diào)，但我們往往更關(guān)注這些差異基...
-
使用monocle3進(jìn)行擬時序分析（從Seurat對象開始）2023-08-31適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中如果涉及到發(fā)育或具有時間序列的細(xì)胞譜系浪耘，往往需要進(jìn)行擬時序分析乱灵，而最最最常用的擬時序分析軟件就是Monocle，如今...
-
Linux 命令行和集群投遞任務(wù)小技巧匯總 2023-08-29
背景 記錄一下平時使用Linux命令行和集群投遞任務(wù)的一些小技巧（包括.bashrc的配置）七冲，后續(xù)將不斷補(bǔ)充痛倚。 配置命令行的風(fēng)格，可以根據(jù)自己的...
-
單細(xì)胞Scanpy常用腳本2023-08-28
前言 Scanpy是基于Python語言的類似Seurat的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析工具澜躺，本文匯集了Scanpy的常規(guī)操作蝉稳。 加載模塊和設(shè)置 讀入矩陣 ...