發(fā)簡信
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【Alphafold】Alphafold2題記： 其實Alphafold2剛出來的時候就看過大佬的報道和文章褥民。2018年的AlphaFold使用的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是類似ResNet的殘差卷積網(wǎng)絡(luò)，到了AlphaFold2則借...
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整理生信工具內(nèi)容
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R語言ggplot2作圖好看的配色備選配色來源于論文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2[https://www.nature.com/artic...
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基于Vcf文件進行基因單倍型分析單倍型平夜，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學(xué)上是指...
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GATK進行SNP calling
GATK(全稱The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute開發(fā)的用于二代重測序數(shù)據(jù)分析的一款軟件锰扶，里面包含了很多有用的工具。 需要...
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gff3與gtf格式轉(zhuǎn)換
GFF (general feature format): 可以用于任何基因組注釋的存儲 GTF (gene transfer format): 嚴格的用于基因注釋信息的存儲...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖:R語言ggplot2畫世界地圖并用md語法添加文字標簽論文 MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for ...
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annovar注釋非常規(guī)參考基因組的snp一、文件準備 基因組文件：r498.fa 與基因組對應(yīng)的注釋文件：r498.gff (最好是gtf 格式颜及，后續(xù)需要將gff 轉(zhuǎn)化為gtf ) vcf文件：fs32.vcf 二...
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基因組與基因組之間的比較（水稻）一甩苛、準備工具 兩個基因組文件： fs32.fa r498.fa (作為參考基因組) minimap2的安裝： 1.conda 直接安裝 conda install -c b...
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R包ggplot2畫散點圖+循環(huán)批量畫+一些基本設(shè)置之前畫圖用的都是師兄寫好的流程衡载，這次需要自己畫一些簡單的圖了搔耕，中間涉及學(xué)到的一些小知識就都放這里啦，初學(xué)者痰娱，內(nèi)容不是很全弃榨。 library（ggplot2）#這個應(yīng)該都知道菩收，...
