賞菊須知 菊屬植物種類繁多舌剂，又含多種栽培種徙邻，兼具觀賞和藥用價值薯酝，且染色體組結(jié)構(gòu)從2n=18到8n=72之間，十分復(fù)雜聋迎，多年來難以攻破。 中藥所所長陳士林研究員、副研究員宋馳博...
IP屬地：江蘇
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基因組文章 | Chrysanthemum nankingense《Molecular Plant》 2018 -
生信 | 基因組組裝實戰(zhàn)（三）：Kmer評估基因組寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Kmer定義 雜合Kmer...
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gce基因組特征評估 2019-07-24GCE下載安裝 在Linux系統(tǒng)下器一，直接在下載鏈接ftp中下載安裝。 GCE主要包含兩個主程序：kmer_freq_hash瓮床，用于k-mer頻數(shù)統(tǒng)計盹舞；gce，用于基因組特征評...
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2隘庄、RNAseq(2)--測序原始數(shù)據(jù)處理（Clean data）1踢步、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測序數(shù)據(jù)都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，于是首先第一步是對這些壓縮格式進行解壓操作 解壓好的文件即正...
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單細胞聚類---淺析監(jiān)督學(xué)習(xí)與無監(jiān)督學(xué)習(xí)
單細胞轉(zhuǎn)錄組分析在線性降維后通常要進行聚類丑掺，使用到機器學(xué)習(xí)的常用方法获印，主要分為有監(jiān)督學(xué)習(xí)[supervised learning]和無監(jiān)督學(xué)習(xí)unsupervised lea...
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R-Seurat單細胞數(shù)據(jù)分析流程Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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被子植物花器官發(fā)育的分子機制花發(fā)育是被子植物生命周期中一個重要的綜合發(fā)育過程街州，涉及無限生長向有限生長及不同發(fā)育方式的轉(zhuǎn)換兼丰，包括開花誘導(dǎo)、信號傳遞唆缴、屬性決定鳍征、器官發(fā)生，既受環(huán)境因子（如光周期面徽、溫度等）的誘...
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scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包艳丛、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過濾質(zhì)控已經(jīng)學(xué)習(xí)了轉(zhuǎn)錄組基本入門知識趟紊，現(xiàn)在了解氮双、學(xué)習(xí)下單細胞轉(zhuǎn)錄組(scRNA)相關(guān)知識。依舊是站在巨人的肩膀上看世界霎匈，入門學(xué)習(xí)目前主要參考 微信公眾號--生信會客廳的單細胞轉(zhuǎn)錄組分...
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文獻學(xué)習(xí)044--[sc+st]雞心臟發(fā)育的時空單細胞測序揭示細胞分化和形態(tài)發(fā)生之間的相互作用作者提供了數(shù)據(jù)和代碼[https://github.com/madhavmantri/chicken_heart/security]戴差。 1. Spatially resolv...
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【文獻分享】蘭花空間轉(zhuǎn)錄組植物空間轉(zhuǎn)錄組的文章其實并不多，除了前面分享的一篇華大做的擬南芥葉片的之外铛嘱，這個可能是我看到的第二篇暖释。所以，今天簡要分享這篇發(fā)表在NAR上面的弄痹，復(fù)旦大學(xué)做的一個工作饭入。 我們都...
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文獻閱讀-《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》文獻名稱：教程：單細胞 RNA 測序數(shù)據(jù)的計算分析指南文獻期刊：nature protocols發(fā)表時間：2021-1-9 摘要 單細胞 RNA 測序技術(shù) (scRNA-se...
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scanpy官方教程2022||01-Preprocessing and clustering 3k PBMCs學(xué)習(xí)資料來源： scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心繪圖功能學(xué)習(xí)資料來源：scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)如何處理線粒體基因什么是線粒體基因 線粒體是參與細胞凋亡啟動和執(zhí)行的主要細胞器之一。線粒體基因在大多數(shù)細胞中表達肛真，其表達水平是細胞類型特異性的谐丢。也就是說這個也是和細胞類型及其狀態(tài)有關(guān)系的。 為...
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【GEO數(shù)據(jù)庫挖掘】三、表達矩陣代碼參考： 1 構(gòu)建新矩陣 圖1 全部數(shù)據(jù)的箱線圖窄瘟，整體數(shù)據(jù)表達量在一條線上衷佃，表明可以比較 圖2 檢查樣本分布是否有問題 2 回到GSE42872表達矩陣 還有很多需要加工的...
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【陪你學(xué)·生信】Bioinformatics For Dummies完結(jié)撒花
【陪你學(xué)·生信】序[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MzU2Mjc1OA==&mid=2247485255&idx=1&sn=2838...
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努力努力再努力~<br>個人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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實驗記錄2：Cellranger整理fastq數(shù)據(jù)為表達矩陣在分析單細胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)前氏义，我們需要將原始的fastq測序文件轉(zhuǎn)化成我們可讀的數(shù)據(jù)，最好的方法是將數(shù)據(jù)整理為基因-細胞表達矩陣图云，如此一來后續(xù)的分析就能夠直接讀取到某細胞的某...
