軟件——scisorseqr：https://github.com/noush-joglekar/scisorseqr[https://github.com/noush-jo...
IP屬地：北京
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單細胞長讀長轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體差異表達分析DIE -
自己寫個小腳本吧拣技，時間過了太久了我也記不清了
jcvi畫兩物種的共線性圖
參考：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)[https://github.com/t...
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rmats2sashimiplot安裝及使用作用：二代數(shù)據(jù)用rmats-turbo跑完之后得到各exon的五種可變剪切事件和count數(shù)谎脯，用ramts2sashimiplot可視化纹烹。github網(wǎng)址：https://g...
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@D低調(diào)en 你這個應(yīng)該是各物種的CDS轉(zhuǎn)成蛋白質(zhì)序列，蛋白質(zhì)序列cat在一起后比對烁竭，然后再用pal2nal.pl輸入比對好的PEP和原始的所有物種cat在一起的CDS序列菲茬，得到正確位置的CDS序列，然后再構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹派撕。個人見解婉弹，要不你試試？
hyphy計算選擇壓力(+pal2nal的使用)
官網(wǎng)：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
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R-fgsea包GSEA分析及可視化GSEA：（Gene Set Enrichment Analysis）基因集富集分析 基因集富集分析（GSEA）和基因富集分析（GO/KEGG）的區(qū)別： 基因富集分析是對已注...
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嗯嗯是的
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@zz_a46c 嗯嗯终吼，最好是
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序列ID是一樣的嗎镀赌？
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ESPRESSO可變剪切分析使用說明ESPRESSO全稱：Error Statistics PRomoted Evaluator of Splice Site Options，一種處理long read RNA...
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【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（三）跑通Visium全流程記錄舊號無故被封佩脊，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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強化學(xué)習(xí)基礎(chǔ)知識詳解強化學(xué)習(xí)（Reinforcement Learning） 強化學(xué)習(xí)基本概念 強化學(xué)習(xí)四要素：狀態(tài)(state)、動作(action)垫卤、策略（policy）威彰、獎勵(reward...
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AI數(shù)學(xué)基礎(chǔ)18——常見的正則化方法1，L2 regularization（權(quán)重衰減）L2正則化就是在代價函數(shù)后面再加上一個正則化項λ 穴肘，使得權(quán)重在更新的時候歇盼，乘以一個小于1的因子（1-a(λ/m))，這個可以...
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請問為什么您覺得是用FUBAR呢评抚？hyphy給出的模型中有三種類型的檢測：site, branch, branch-site豹缀。site test 假設(shè)各個位點的dN/dS可能不同，但是一個位點在整個進化過程中具有穩(wěn)定的dN/dS慨代；branch test不考慮位點間的差異邢笙，但是不同的branch可能具有不同的dN/dS；branch-site test同時考慮兩種情況侍匙，最后得到的可能是某些位點在某些分支上具有特別的dN/dS（e.g., dN/dS>1）氮惯。你想看的是branch中哪些site存在正選擇，你應(yīng)該選第三類呀，F(xiàn)UBAR應(yīng)該是第一類吧妇汗？（在我的理解中）
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同源異構(gòu)體(isoform)和轉(zhuǎn)錄變異體（transcript variant）
同源異構(gòu)體(isoform)：由來自一個基因的mRNA前體因選擇性剪接而產(chǎn)生多種mRNA帘不，并翻譯出多種蛋白，這些蛋白即為同源異構(gòu)體杨箭。同一個基因的不同版本的蛋白寞焙。 轉(zhuǎn)錄變異體（...
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您好，您的圖片全都上傳失敗了互婿，希望有時間可以更新一下捣郊，麻煩您
鏈特異性建庫測序原理
RNA-seq基本流程 下圖是一個大概的RNA-seq基本流程 [圖片上傳失敗...(image-8ca9c-1586161495252)] 把RNA破碎成小片段，然后將RN...
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鏈特異性建庫如何區(qū)分正負鏈慈参？寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更模她，我明白了一個道理，人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號懂牧，我似乎都習(xí)慣了懶惰侈净，文章不想更了，筆記也懶得記了僧凤。 但是我沒忍住雙十一的誘惑畜侦，一...
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【單細胞入門必讀】單細胞RNA-seq技術(shù)和數(shù)據(jù)分析簡介
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 單細胞RNA測序(scRNA...