一、背景 許多Functional Class Scoring (FCS)方法菩帝，如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
IP屬地：山東
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irGSEA：基于秩次的單細(xì)胞基因集富集分析整合框架（修訂版） -
TCGA 數(shù)據(jù)下載分析利器 —— TCGAbiolinks（一）前言 TCGAbiolinks 是一個(gè)利用 GDC API 接口來(lái)查詢、下載和分析 TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)的 R 包 TCGAbiolinks 包的功能主要可以分為三大塊： ...
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【R>>PCA】主成分分析PCA：principal component analysis禀综，主成分分析苔严。將n個(gè)維度定枷，通過(guò)線性轉(zhuǎn)換為新的n個(gè)線性無(wú)關(guān)的按方差解釋度排序的主成分(principal com...
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【R>>e1071】tune.svm亞型預(yù)測(cè)疾病亞型預(yù)測(cè)中常用NTP方法岖妄，今天發(fā)現(xiàn)一位大神用svm預(yù)測(cè)亞型寂祥，并且在附件中還加入了代碼衣吠，下面就來(lái)圍觀下吧。 發(fā)表雜志：Frontiers in Oncology PMID：...
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免疫治療結(jié)果與風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)的直方圖1.需求 為了直觀的展示免疫治療結(jié)果與病人風(fēng)險(xiǎn)高低之間的關(guān)系忧换，如圖： 2.數(shù)據(jù) 需要病人的高低風(fēng)險(xiǎn)分組向拆，和免疫治療結(jié)果 3.畫(huà)圖代碼 因?yàn)閿?shù)據(jù)是編的，就不用看high和low...
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ROC曲線過(guò)擬合颈将，畫(huà)出來(lái)一條折線？今天還是因?yàn)镽OC的問(wèn)題被審稿人難住了晴圾，才意識(shí)到自己統(tǒng)計(jì)知識(shí)的匱乏，事情的經(jīng)過(guò)是這樣的死姚，我在文章中加了一個(gè)這樣的圖 然后審稿人就提了這樣一個(gè)問(wèn)題In figure 5, th...
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變異數(shù)據(jù)處理（1）maftools 變異數(shù)據(jù)處理的總體思路如下： 思維導(dǎo)圖 1.數(shù)據(jù)下載 TCGA的突變數(shù)據(jù)有4個(gè)軟件得到的不同版本： 這個(gè)可以在gdc的官網(wǎng)上找到切蟋，case選擇KIRC，文件...
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八、cox-forest
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 2.挑選感興趣的基因構(gòu)建coxph模型 出自文章Integrated genomic analysis identifies subclasses and ...
