TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中含有的癌癥名稱卵酪，簡(jiǎn)寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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TCGA / 癌癥簡(jiǎn)稱 / 縮寫 / TCGA癌癥中英文對(duì)照
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職業(yè)規(guī)劃職位薪酬表 翻看公眾號(hào)茅诱，偶然看到一份醫(yī)藥行業(yè)各崗位的薪資情況瓶蚂，數(shù)據(jù)是基于一家咨詢公司慈鸠。重點(diǎn)是這張表羅列了醫(yī)藥行業(yè)各個(gè)崗位的職位框架，分門別類的羅列了各個(gè)細(xì)分領(lǐng)域的職位拨与，如研發(fā)...
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@39d9b5b8fdc1 別人分享的，感興趣可以研究一下這篇文獻(xiàn)：Spatiotemporal Dynamics of Intratumoral Immune Cells Reveal the Immune Landscape in Human Cancer
ssGSEA 與CIBERSORT分析--腫瘤免疫浸潤(rùn)分析
背景 GSEA蘸拔、GSVA师郑、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之間的區(qū)別调窍？ 從輸入的表達(dá)矩陣入手1. GSEA的輸入矩陣：差異表達(dá)分析后得到的矩陣宝冕！一列基因名/ENTREZ ...
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org.Hs.eg.db 包的使用jimmy布置的個(gè)R語(yǔ)言中級(jí)作業(yè)中提到了幾個(gè)R包，我查找了Bioconductor中org.Hs.eg.db包的使用說(shuō)明書邓萨，為了自己更好的理解和應(yīng)用地梨，做了以下筆記菊卷。 首先了解...
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GO富集分析前段時(shí)間，我們對(duì)顯著差異轉(zhuǎn)錄本Pathway富集進(jìn)行了解讀宝剖，洁闰。今天，我們?cè)賮?lái)看看GO分析万细，以及相關(guān)圖表的意義扑眉。 GO分析網(wǎng)站：http://pantherdb.org/，以及...
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ESTIMATE免疫評(píng)分和腫瘤純度背景： 在腫瘤微環(huán)境中雅镊，除了免疫浸潤(rùn)細(xì)胞襟雷，還存在大量的腫瘤細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞。不同類型的免疫細(xì)胞在抗腫瘤和腫瘤免疫逃逸過(guò)程中又發(fā)揮了不同的作用仁烹，腫瘤的生長(zhǎng)耸弄、侵襲和轉(zhuǎn)移與腫瘤的生長(zhǎng)...
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ssGSEA 與CIBERSORT分析--腫瘤免疫浸潤(rùn)分析背景 GSEA、GSVA卓缰、ssGSEA和GO计呈、KEGG富集分析之間的區(qū)別？ 從輸入的表達(dá)矩陣入手1. GSEA的輸入矩陣：差異表達(dá)分析后得到的矩陣征唬！一列基因名/ENTREZ ...
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2021-09-25捌显。惋惜，Oncomine將于2022年1月17日終止服務(wù)
如題总寒，芒果必須告知各位果友這個(gè)不幸的消息——Oncomine數(shù)據(jù)平臺(tái)將于2022年1月17日終止服務(wù)扶歪。關(guān)于Oncomine平臺(tái)的離場(chǎng)，芒果很傷心摄闸，也很惋惜善镰！ 但是，現(xiàn)實(shí)總是殘...
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表達(dá)譜分析組織中細(xì)胞組分情況 --- CIBERSORT & xCell腫瘤微環(huán)境是近年來(lái)的研究熱點(diǎn)年枕。復(fù)雜而動(dòng)態(tài)的微環(huán)境中炫欺，腫瘤細(xì)胞與浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞、基質(zhì)細(xì)胞等相互作用熏兄，這在促進(jìn)或抑制腫瘤生長(zhǎng)品洛、侵襲、轉(zhuǎn)移以及對(duì)病人臨床預(yù)后方面可能具有多方面的影響...
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GSEA 富集分析理論知識(shí) GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）摩桶，該方法發(fā)表于2005年的Gene set enrichment analysis: a kno...
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GSEA筆記GSEA縮寫 GSEA的全稱是Gene Set Enrichment Analysis桥状，中文翻譯就是基因集富集分析，最早提出GSEA的文章是下面的這篇文獻(xiàn)： 基因集富集分析是...
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GSEA富集分析學(xué)習(xí)筆記
教程https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484582&idx=1&sn=1e01276e121...
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復(fù)現(xiàn)：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤(rùn)程度最近學(xué)習(xí)了生信菜鳥團(tuán)的純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤(rùn)程度,想復(fù)制作者的流程硝清，但是發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)不一樣的地方岛宦，所以重新整理流程，代碼主要來(lái)自原作者Juan_NF耍缴。 文...
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一個(gè)看似簡(jiǎn)單的需求——修改富集分析的dotplot圖劉小澤寫于2020.2.6最近再一次做起了轉(zhuǎn)錄組砾肺，但這一次需求有點(diǎn)小改變挽霉，需要自己定制一下，具體原因看本文吧变汪。其中要特別表?yè)P(yáng)花花??同學(xué)侠坎，幫了個(gè)大忙！ 問(wèn)題由來(lái) 我們一般進(jìn)行富...
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R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID裙盾、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕实胸，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無(wú)參考基因組該怎么辦，值得一看 簡(jiǎn)單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
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TCGA 差異分析及作圖原始數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 學(xué)習(xí)生信我認(rèn)為首先要具有全局觀番官，首先要弄清楚做什么分析庐完，需要準(zhǔn)備什么文件，然后把這些文件變成什么樣子徘熔。當(dāng)準(zhǔn)備工作做好后门躯，直接調(diào)用R包進(jìn)行分析和作圖。為了方便看酷师，...
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R-Markdown的學(xué)習(xí)一讶凉、基本語(yǔ)法 1.標(biāo)題 一個(gè)#是一級(jí)標(biāo)題，二個(gè)#是二級(jí)標(biāo)題山孔，以此類推懂讯。 2.字體格式 3.引用 4.圖片 5.有序列表 二、代碼 1.單行代碼 2.多行代碼 三台颠、R-Mark...
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R-Markdown學(xué)習(xí)與使用簡(jiǎn)介 ??markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語(yǔ)言褐望，只需要簡(jiǎn)單的標(biāo)記語(yǔ)言就可將文本格式的內(nèi)容具有一定的格式。核心是將文字與排版分開串前，從而將注意力集中于文字本身譬挚。但其本質(zhì)，M...
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dplyr包1. dplyr簡(jiǎn)介 dplyr是R語(yǔ)言的數(shù)據(jù)分析包酪呻，能對(duì)dataframe類型的數(shù)據(jù)做很方便的數(shù)據(jù)處理和分析操作。d代表dataframe - plyr是英文鉗子plier...