清明節(jié)了拂酣,放假期間好好放松一下自己,但是我仍然記得大學(xué)老師說(shuō)過(guò)的一句話仲义,放假休息的同時(shí)婶熬,總結(jié)過(guò)去,展望以后光坝,所以說(shuō)假期是一個(gè)承前啟后的時(shí)間段尸诽,今天我們不講新的東西,而是回顧一下單細(xì)胞軌跡分析的一些內(nèi)容盯另。
第一部分性含,降維,
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第一頁(yè)其實(shí)在說(shuō)明為什么我們數(shù)據(jù)分析的時(shí)候?yàn)槭裁聪纫肞CA降維鸳惯,PCA降維到50-100維
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這一頁(yè)講了tSNE降維的原理和PCA的連用商蕴。那么第一個(gè)問(wèn)題就來(lái)了,為什么我們要先PCA降維后再使用tSNE降維呢芝发?看了PPT相信大家都有答案了吧
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第三頁(yè)關(guān)于UMAP降維绪商,現(xiàn)在明白為什么UMAP降維后的結(jié)果cluster之間的距離為什么變得遠(yuǎn)了吧。
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第四頁(yè)辅鲸,PHATE降維格郁,優(yōu)劣勢(shì)一目了然。
第二部分,軌跡分析
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我們常見(jiàn)的軌跡類型例书。
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分析的一般過(guò)程
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發(fā)育基因的選擇及優(yōu)缺點(diǎn)
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可視化的方法锣尉,知道都是什么軟件做出來(lái)的么?决采?自沧?
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分化推斷知多少
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推斷軟件哪家強(qiáng)?树瞭?拇厢?
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強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)手結(jié)果優(yōu)
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空間軌跡如何斷?晒喷?孝偎?
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方法總比困難多
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總結(jié)也是一種進(jìn)步
生活很好,有你更好