學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
IP屬地：紐約州
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shell服務(wù)器中安裝R包出現(xiàn)Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 問題時
該錯誤其實(shí)是Rlibrary的問題斜做，設(shè)置linux共享庫位置配置(LD_LIBRARY_PATH環(huán)境變量的錯誤）完整錯誤如下： Error in dyn.load(file,...
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一個簡易版提取最長轉(zhuǎn)錄本的方法根據(jù)gff和基因組文件提取最長轉(zhuǎn)錄本有很多工具柄错，但發(fā)現(xiàn)沒有一個適合我的埃碱，因?yàn)槟切┕ぞ哂懈鞣N輸入文件限制嚎尤，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
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BUSCO v3版本的安裝教程
這篇專為南農(nóng)張峰老師組的系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)的PLWS pipeline[https://github.com/xtmtd/PLWS]而出一個特定busco v3.0.1版本安裝...
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R install packages on linux當(dāng)服務(wù)器上沒有可視化的Rstudio時荔仁，又不想把文件傳下來運(yùn)行，則需要在服務(wù)器上安裝相關(guān)R包 一般R的安裝最好用conda安裝：conda install R 接下來是安裝R...
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主要關(guān)注于脊椎動物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡書原賬號：WhyDoWeAge
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的擴(kuò)張收縮分析中遇骑，基于單個物種的的擴(kuò)張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集卖毁；但如果分析某個祖先節(jié)點(diǎn)的擴(kuò)張收縮分析情況，背景基因集的選擇很重要：CAFE分析時...
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過濾序列比對長度較短的文件
一個很有意思的小腳本落萎，現(xiàn)在寫腳本的思路越來越偏向高效化了亥啦。兩個小技巧：1. 這里用python寫文件的話運(yùn)行速度會慢很多，因此用subprocess調(diào)用shell腳本會更快练链。...
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批量修改基因文件里的基因名
前面提到了可以根據(jù)樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)生成一系列與物種樹一致的基因樹[http://www.reibang.com/p/70107400b233]翔脱；但其實(shí)也可以用同一個物種樹，然后...
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Paml分析過程中根據(jù)Othogroups信息和物種樹生成對應(yīng)的基因樹
首先根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育分析我們得到一個物種樹文件媒鼓， 對每個單拷貝基因進(jìn)行正選擇或適應(yīng)性趨同分析届吁，需要輸入基因樹。因此隶糕，我們根據(jù)genelist和物種樹文件瓷产，生成一系列基因樹文件。 ...
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用clusterProfile進(jìn)行非模式物種且沒有參考基因組的GO和KEGG富集分析
新組裝的基因組并沒有上傳和生成RefSeq基因組信息枚驻。而且一系列需要or.db或者構(gòu)建or.db的步驟嘗試構(gòu)建數(shù)據(jù)庫都不成功濒旦，要么缺乏物種信息，要么缺乏gene symbol...
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CAFE輸出結(jié)果整理2——提取特定Orthogroups里某個物種的基因名
比較基因組分析很多時候都是用OrthoFinder生成的Orthogroups來進(jìn)行分析再登，然后得到一系列OG的ID尔邓，對于不同的物種，我們還需要在orthogroup里找到對應(yīng)...
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CAFE輸出結(jié)果整理1cafe輸出結(jié)果是很難整理的锉矢，雖然有腳本輸出了各個物種的基因家族擴(kuò)張收縮結(jié)果梯嗽，每個物種是用數(shù)字代替的，而且結(jié)果都整合到一起了沽损，現(xiàn)在需要單獨(dú)提取某一段關(guān)于特定物種的情況灯节，如圖所...
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安裝tables包遇到的問題
partitionfinder2是使用python2編寫的，因此安裝它的依賴包必須都是python2版本的绵估，其中tables就是一個安裝比較困難的包炎疆，在PYPI中找到tabl...
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根據(jù)上一行的ID增加到下一行缺失ID的元素中基因組上傳中遇到的問題之一:In annotation file, each features should have ID information in the ninth...
