發(fā)簡信
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snn，knn都是差不多基于graph，我下面評論鏈接里有這些所有的那個教程
單細(xì)胞學(xué)習(xí)3
cluster 不同聚類方法比較 normmlization今魔，去除一些批次效應(yīng)等外部因素。通過對表達矩陣的矩陣的聚類障贸，對細(xì)胞群體進行分類错森。 無監(jiān)督聚類：hierarchica...
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R數(shù)據(jù)可視化7:氣泡圖 Bubble Plot“氣泡圖”這個名字聽著就很可愛是不是！今天讓我們來看看這個氣泡圖長什么樣篮洁，可以展示什么樣的數(shù)據(jù)涩维，以及如何用R作圖。 什么是氣泡圖 氣泡圖（Bubble Plot）就是由一個個...
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本科畢業(yè)于浙江大學(xué)，碩士畢業(yè)于復(fù)旦大學(xué)锋叨，浙大讀博ing。<br>如果沒有及時回復(fù)可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com
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trim_galore的--rrbs修剪報告顯示R1有額外trim2bp宛篇，但是R2并沒有trim額外2bp是為什么呢娃磺？
RRBS數(shù)據(jù)分析（一）
1、RRBS簡介 RRBS即reduced representation bisulfite sequencing：第一步：使用MSPI內(nèi)切酶處理叫倍，其識別序列是CCGG偷卧，切完...
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如果你需要我回答你的問題我的生物信息學(xué)技能基本上都是自學(xué)的爆安，在剛開始的階段我也和大部分的人一樣侠鳄，會遇到很多問題，然后想著去一些群里提問希望得到解答潮瓶，當(dāng)然結(jié)果也是和大部分人的一樣蚕泽，問題不會得到答案晌梨。 ...
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初入職場的生信猿仔蝌，喜歡折騰代碼整點有意思的東西
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您好，我想用公司加入的oligo序列來計算轉(zhuǎn)化率和氧化效率荒吏。把oligo.fa和genome.fa合并之后敛惊，bismark構(gòu)建索引然后比對，想從比對完的bam中提取比對到合并后的oligo序列的reads（samtools view a.bam chrOligo > chrOligo.bam)绰更，再計算C和C+T情況瞧挤，但是發(fā)現(xiàn)沒有提取出reads锡宋。是因為oligo長度60bp太短不好匹配上嗎？
DNA甲基化分析（二）----如何計算甲基化轉(zhuǎn)化率特恬？
Pre: 這是一篇填坑的筆記执俩，需要結(jié)合上一篇bismark的學(xué)習(xí)筆記一節(jié)來看。上一篇bismark學(xué)習(xí)筆記見-------->http://www.reibang.com/...
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關(guān)于TCGA（癌癥基因組數(shù)據(jù)集）使用指南The cancer genome atlas(TCGA)數(shù)據(jù)庫儲存20多種癌癥的基因組數(shù)據(jù)乏屯，作為生信喵少不了要下載上面的數(shù)據(jù)來分析。寫篇文章介紹一下瘦赫，也加深自己的印象辰晕。 T...
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臨床生物信息學(xué)中的GWAS分析今天要分享的是一本合集Clinical Bioinformatics臨床生物信息學(xué)實驗指南中的第五章Bioinformatics Challenges in Genome-W...
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sc-RNA數(shù)據(jù)分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis
這本詳細(xì)的書提供了最先進的計算方法，以進一步探索由單細(xì)胞技術(shù)帶來的令人興奮的機會确虱。每一章都詳細(xì)介紹了一個計算工具箱含友，旨在克服單細(xì)胞分析中的特定挑戰(zhàn)，如數(shù)據(jù)規(guī)范化校辩、罕見細(xì)胞類型...
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10X 單細(xì)胞基因表達樣本制備指南單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)是闡明復(fù)雜生物系統(tǒng)的一種強大工具窘问，讓您能夠逐個細(xì)胞地研究基因表達動態(tài)。通過生成細(xì)胞群體的單細(xì)胞圖譜宜咒，單細(xì)胞RNA測序(scRNAseq)能夠解析復(fù)雜樣本中不同類...
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醫(yī)學(xué)生物信息學(xué)文獻第2期：腫瘤微環(huán)境
? 腫瘤內(nèi)刺激樹突狀細(xì)胞(SDC)在刺激細(xì)胞毒性T細(xì)胞和誘導(dǎo)抗腫瘤免疫反應(yīng)中起著重要的作用惠赫。了解調(diào)節(jié)它們在腫瘤微環(huán)境(TME)中的豐度的機制可以揭示新的治療機會。作者發(fā)現(xiàn)故黑，在...
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single cell marker 基因數(shù)據(jù)庫在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序中一個重要的方面就是定義聚類得來的cluster儿咱，一個思考的方向就是根據(jù)marker基因來定義cluster的細(xì)胞類型（cell type）。怎樣才能建立c...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析倍阐，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析概疆，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
