SweepFinder2 使用一種基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法來檢測正選擇。CLR 是一種統(tǒng)計(jì)量妒潭，通過比較基因組中特定區(qū)域的觀察...
發(fā)簡信
IP屬地：貴州
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Sweepfinder2 檢測正選擇信號
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XP-CLR 檢測不同種群間選擇信號XP-CLR 的基本思想是利用不同種群的等位基因頻率差異和連鎖不平衡模式來識別選擇信號召锈。假設(shè)一個基因在種群 A 中經(jīng)歷了選擇旁振，而種群 B 沒有，選擇位點(diǎn)周圍的 LD 模式和等...
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SV 合并軟件 SURVIVOR
SURVIVOR 軟件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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read 讀取文件并將變量應(yīng)用在 awk 中
read 讀取文件并將一行中的不同字段存儲至不同變量中涨岁； 比如說： cat testzhang 10 155wang 8 148 可以用 read name age ...
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轉(zhuǎn)座子元件注釋 RepeatMasker 安裝
RepeatMasker是一個用于識別和屏蔽（mask）基因組中重復(fù)序列的軟件工具拐袜。重復(fù)序列在基因組中占據(jù)了很大的比例，并且對基因組的結(jié)構(gòu)和功能具有重要的影響梢薪。RepeatM...
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結(jié)構(gòu)變異檢測軟件 SYRI 的使用目前檢測結(jié)構(gòu)變異的方法眾多蹬铺，長 reads 序列的比對有 NGMLR、Minimap2秉撇、Nucmer 等甜攀；基于序列比對結(jié)構(gòu)檢測結(jié)構(gòu)變異的軟件有 SVIM、Sniffles琐馆、S...
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vcftools 計(jì)算 pi规阀、fst、tajima's D
計(jì)算每個位點(diǎn)的多態(tài)性瘦麸； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...
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bgzip 壓縮文件谁撼，tabix 建索引
在對 vcf 文件壓縮時，不可以用 gzip 來代替 bgzip瞎暑； 壓縮 bgzip -f view.vcf 解壓縮 bgzip-d view.vcf.gz 或者gunzi...
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OrthoFinder 檢測同源基因OrthoFinder是一種用于鑒定和比較生物學(xué)物種之間的同源基因組學(xué)的工具彤敛。同源基因是在不同物種之間由共同祖先繼承的基因。OrthoFinder旨在幫助研究人員理解基因組學(xué)...