背景 當(dāng)處理臨床樣本的數(shù)據(jù)框時估灿，列名是樣本名（SID）友存，而有些樣本可能來源于同一病人浴韭，我們希望將來源于同一病人的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合（本例為求平均），變?yōu)橐涣兴薪撸纱松梢粋€列名為病人...
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R語言 -- 如何將數(shù)據(jù)框中具有相同列名或具有相同特征的列名的列整合為一列
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Gephi安裝（Java安裝）Gephi是一款常用的網(wǎng)絡(luò)圖可視化軟件景描，運行需要依賴Java環(huán)境。 Gephi安裝 軟件下載地址：https://gephi.org/users/download/ 下載以后...
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gephi中文版(網(wǎng)絡(luò)分析軟件) Gephi下載與安裝 功能特色
gephi是一款簡單實用的網(wǎng)絡(luò)分析軟件秀撇，該軟件基于JVM制作，可以幫助用戶們在各種網(wǎng)絡(luò)和復(fù)雜系統(tǒng)對數(shù)據(jù)向族、鏈接呵燕、社交網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行分析，讓用戶們可以輕松獲取自己所需的內(nèi)容件相，此外軟件還...
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Gephi 官方手冊：一款關(guān)系可視化網(wǎng)絡(luò)圖工具的簡明教程Gephi 和網(wǎng)絡(luò)圖 今天要分享的一款網(wǎng)絡(luò)圖工具：Gephi再扭。 你可能沒聽過 Gephi氧苍，但說起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data，一定不陌生泛范。 在這兩款的數(shù)...
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R語言可視化（四十）：網(wǎng)絡(luò)圖繪制40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
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如何批量預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子
如何批量預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子 前一段時間看文獻(xiàn)让虐，想預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子，搜索發(fā)現(xiàn)Y叔的clusterProfiler的R包具有批量預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子的功能罢荡，用R包自帶的數(shù)據(jù)赡突，可以運行，但是用自己的...
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模型可解釋性（SHAP)SHAP含義：觀察到某一個樣本的預(yù)測中各個特征對預(yù)測結(jié)果產(chǎn)生的影響区赵。 基本思想：計算一個特征加入到模型時的邊際貢獻(xiàn)惭缰，然后考慮到該特征在所有的特征序列的情況下不同的邊際貢獻(xiàn)，取...
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R語言分析2-2：免疫浸潤分析（ssGSEA）ssGSEA是一種常用于免疫細(xì)胞浸潤分析的方法笼才。該方法通過將每個樣本的基因表達(dá)數(shù)據(jù)與特定的基因集（免疫細(xì)胞基因集）進(jìn)行比較漱受，來估計該基因集在該樣本中的相對富集程度。 2. 使...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
