發(fā)簡信
IP屬地：山西
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The calculation of modulescore in Seurat
The Module Score calculation is designed to refine the mean expression o...
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several facts of SCENIC
1. GENIE3對于輸入的expression matrix，既可以是UMI counts，也可以是library-size normaliz...
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The process of SCENICLast week we learned Transcription factor motif finding, also, recently ...
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fastMNN and harmonyIn analyzing scRNA-seq data, batch effects are an influential source of ...
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“bracketed paste” mode in shell
在shell中投慈，我們粘貼多行代碼的時候，shell大概率會把“換行”識別為“回車”并逐行運行镶骗，這會導致你沒法粘貼多行的代碼赃春。這是因為shell很...
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NOTEs
取得某個GO term的基因列表 Velocyto畫圖show.velocity.on.embedding.cor報錯：OpenBLAS War...
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錯誤解決：Error: Failed to install 'SeuratWrappers' from local: Failed to connect to api.github.com ...
通過remotes::install_github函數(shù)安裝github上的包時報錯： 我嘗試很久沒法解決静秆，選擇手動下載zip包后上傳至服務器牵素，然...
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細胞數(shù)量較大的單細胞數(shù)據(jù)的ssgsea：分cluster并小份算
近來處理了一個22w個細胞的單細胞數(shù)據(jù)严衬，數(shù)據(jù)過多，做GSVA直接卡住好幾天笆呆，本來嘗試每200個細胞這樣計算然后拼接起來请琳，函數(shù)也寫好了粱挡，跑完后突然...
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GSA、GSEA单起、ssGSEA抱怔、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一劣坊、 簡述 ? ? 為了從基因的表達水平中得到更加具體直觀的生物學功能變化的信息嘀倒，多種基于已知的基因集的分析方法應運而生。其中局冰，基因集分析（Ge...