數(shù)據(jù)展示的時(shí)候组力，我們經(jīng)常會(huì)用到維恩圖來(lái)展示各個(gè)數(shù)據(jù)集之間的重疊（交叉）關(guān)系县貌。R語(yǔ)言中有很多程序包（package）可以做這個(gè)事情，包括limma, gplots, venne...
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R語(yǔ)言畫(huà)維恩圖--VennDiagram -
【R>>DepMap】單基因腫瘤細(xì)胞表達(dá)情況CCLE是腫瘤細(xì)胞基因表達(dá)的百科全書(shū)痪寻，之前寫(xiě)CCLE：求任意基因的相關(guān)性[http://www.reibang.com/p/59f979ab09ee]稍微介紹過(guò)其用法螺句。今天...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘之繪制PCA熱圖和差異基因火山圖PCA和差異基因圖是生信技能樹(shù)[生信爆款入門(mén)課程]GEO數(shù)據(jù)挖掘的重點(diǎn)。為拓展課堂所學(xué)知識(shí)橡类，現(xiàn)在找一個(gè)數(shù)據(jù)集對(duì)他們做下練習(xí)總結(jié)蛇尚。 1.主成分PCA 圖---- 2.top 1...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)
signatureDB - B cell數(shù)據(jù)庫(kù)CancerSEA - 癌癥單細(xì)胞KIT（腎臟單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù)）：http://humphreyslab.com/SingleCel...
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UMAP的初步了解及與t-SNE的比較降維是機(jī)器學(xué)習(xí)中的可視化和理解高維數(shù)據(jù)的強(qiáng)大工具。t-SNE是最廣泛使用的可視化技術(shù)之一顾画，但其性能在大型數(shù)據(jù)集中會(huì)受到影響佣蓉。 UMAP是McInnes等人的一項(xiàng)新技術(shù)。與t-...
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DAPI染色原理及使用方法
綠色熒光蛋白GFP最初是從水母中分離得到, 在藍(lán)光波長(zhǎng)的激發(fā)光作用下, 能發(fā)出綠色的熒光亲雪。通過(guò)載體構(gòu)建,將GFP基因與目的基因融合, 表達(dá)出含GFP的融合蛋白, 可用于報(bào)告目...
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StatQuest——生物信息相關(guān)原理的入門(mén)系列(一)想學(xué)生信原理但是數(shù)學(xué)不好？不想看一串串公式也想明白各種分析的原理灌砖？StatQuest會(huì)是一個(gè)非常不錯(cuò)的選擇璧函！ StatQuest: 該系列視頻是北卡羅來(lái)納大學(xué)教堂山分校制作的...
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【r<-方案】TCGA barcode（樣本ID）以及重名過(guò)濾我之前在簡(jiǎn)書(shū)上轉(zhuǎn)載過(guò)別人寫(xiě)的TCGA barcode介紹，這兩天碰到相關(guān)的問(wèn)題基显，我看了看蘸吓，覺(jué)得不是很清晰，再說(shuō)道說(shuō)道撩幽。 接觸和分析過(guò)TCGA數(shù)據(jù)的朋友肯定會(huì)經(jīng)常處理TCGA ...
