signatureDB - B cell數(shù)據(jù)庫
CancerSEA - 癌癥單細胞
KIT（腎臟單細胞數(shù)據(jù)庫）：http://humphreyslab.com/SingleCell/
血管細胞數(shù)據(jù)庫：http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html

PlantscRNAdb：http://ibi.zju.edu.cn/plantscrnadb/
植物單細胞marker gene數(shù)據(jù)庫递胧，詳細介紹在此：Mol Plant | 浙江大學(xué)樊龍江團隊建立植物單細胞RNA分析數(shù)據(jù)庫

CellMarker：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
該數(shù)據(jù)庫只針對人和鼠含滴，通過手工整理超過10萬篇已發(fā)表的論文工腋，收集了158個人組織467種細胞13605個marker继谚，81個小鼠組織389種細胞9148個marker焰盗。

PanglaoDB：https://panglaodb.se/index.html
PanglaoDB數(shù)據(jù)庫是一個單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫包含了超過1000個單細胞實驗的預(yù)處理和預(yù)計算分析，涵蓋了大多數(shù)主要的單細胞平臺和分析流程迫横，基于來自各種組織和器官的超過400萬個細胞谓谦。它包含了6000多個marker基因，可用于細胞分群注釋的marker數(shù)據(jù)庫喘帚，數(shù)據(jù)主要源于已經(jīng)公開發(fā)表的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)畅姊。

CancerSEA：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/home.jsp
CancerSEA是一個旨在單細胞水平上全面探索癌細胞的不同功能狀態(tài)的多功能網(wǎng)站，涉及14個細胞功能狀態(tài)啥辨，是25種癌癥類型的900個癌癥單細胞涡匀。

Mouse Cell Atlas：http://bis.zju.edu.cn/MCA/index.html
小鼠單細胞圖譜數(shù)據(jù)庫–浙江大學(xué)郭國驥老師團隊。

SCPortalen：http://single-cell.clst.riken.jp/
人類和小鼠單細胞中心數(shù)據(jù)庫溉知。當(dāng)前該網(wǎng)站收錄了人類79種細胞類型的20761個單細胞以及小鼠119種細胞類型的46385個單細胞的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)陨瘩。

scRNASeqDB：https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/index.php?csrt=11272935744226394604
第一個人類單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫,包含了38個人類單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，覆蓋200個人類細胞系或細胞類型和13440個樣本级乍。

Single Cell Expression Atlas：https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home
歐洲分子生物學(xué)實驗室（EMBL）收集整理的單細胞數(shù)據(jù)舌劳。

SignatureDB：https://lymphochip.nih.gov/signaturedb/
收集整理marker gene的數(shù)據(jù)庫。

Single Cell Portal：https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell
該網(wǎng)站開發(fā)的主旨為：促進科學(xué)成果的共享玫荣，并傳播因單細胞測序技術(shù)而產(chǎn)生的數(shù)據(jù)甚淡。相比于前三個數(shù)據(jù)庫（多為低通量測序數(shù)據(jù)，細胞數(shù)較少）來說捅厂，Single cell portal收錄了169個研究的4152655個單細胞的測序數(shù)據(jù)贯卦。

KIT（腎臟單細胞數(shù)據(jù)庫）：http://humphreyslab.com/SingleCell/
對一些腎臟單細胞文章進行了整理，構(gòu)建了一個腎臟單細胞數(shù)據(jù)集的在線分析數(shù)據(jù)庫焙贷。

血管細胞數(shù)據(jù)庫：http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html
構(gòu)建了小鼠腦和肺血管及血管相關(guān)細胞類型數(shù)據(jù)庫, 數(shù)據(jù)庫包含腦的3436個單細胞單細胞轉(zhuǎn)錄組以及小鼠肺的1504個單細胞轉(zhuǎn)錄組撵割。

腦細胞數(shù)據(jù)庫：https://web.stanford.edu/group/barres_lab/brain_rnaseq.html
專門針對人腦單細胞構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫。

CellTalkDB：http://tcm.zju.edu.cn/celltalkdb/index.php
浙江大學(xué)藥學(xué)院范驍輝教授課題組通過對已知蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫進行文本挖掘和手動驗證辙芍，建立了一個人類和小鼠配體-受體相互作用對（LR interaction pairs）的綜合數(shù)據(jù)庫啡彬。

ColorCells：http://rna.sysu.edu.cn/colorcells/
單細胞lncRNA數(shù)據(jù)庫羹与。

JingleBells：http://jinglebells.bgu.ac.il/
JingleBells將單細胞數(shù)據(jù)劃分為免疫和非免疫類，共收錄120篇免疫相關(guān)以及182篇非免疫的單細胞文獻庶灿，且數(shù)據(jù)庫仍在持續(xù)更新中纵搁。這是標(biāo)準(zhǔn)化單細胞RNA-Seq數(shù)據(jù)集的存儲庫，用于在單細胞水平上進行分析和可視化往踢。

Cell BALST：https://cblast.gao-lab.org/
Cell BLAST是一個自帶高質(zhì)量參考數(shù)據(jù)庫的scRNA-seq數(shù)據(jù)檢索/注釋工具腾誉，能做細胞類型鑒定、發(fā)現(xiàn)新細胞類型菲语、注釋連續(xù)細胞狀態(tài)妄辩。

scTPA：http://sctpa.bio-data.cn/sctpa
scTPA是用于在人和小鼠中基于生物途徑激活進行單細胞轉(zhuǎn)錄組分析和注釋的網(wǎng)絡(luò)工具。數(shù)據(jù)庫收集了具有不同功能和分類的大量生物途徑山上，這有助于識別細胞類型注釋和解釋的關(guān)鍵途徑眼耀。

sc2disease：http://easybioai.com/sc2disease/home
用來分析疾病當(dāng)中的細胞和正常細胞哪些基因有差異。

iSyTE：https://research.bioinformatics.udel.edu/iSyTE/ppi/index.php
眼睛發(fā)育數(shù)據(jù)庫佩憾。

DBTMEE：http://dbtmee.hgc.jp/
小鼠早期胚胎發(fā)育數(shù)據(jù)庫哮伟。

StemMapper：http://stemmapper.sysbiolab.eu/
干細胞發(fā)育數(shù)據(jù)庫。

EMAGE: http://genex.hgu.mrc.ac.uk/Emage/database
小鼠胚胎發(fā)育空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫妄帘。

stemformatics：https://www.stemformatics.org/expressions/gene_expression_graph
針對干細胞構(gòu)建的單細胞數(shù)據(jù)庫楞黄。

https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.datasets/
This website contains a collection of publicly available datasets used by the Hemberg Group at the Sanger Institute. 包含小鼠和人的多個組織。

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets
10x Genomics 官方提供了多種測序數(shù)據(jù)抡驼，主要探究 10x Genomics 技術(shù)差異鬼廓。

LnCeCell：http://www.bio-bigdata.net/LnCeCell/
哈爾濱醫(yī)科大學(xué)李霞教授團隊出品（沒錯，又是李教授團隊致盟，實際上他們還開發(fā)了很多的非常有用的lncRNA數(shù)據(jù)庫比如lnc2cancer碎税、LnCeVar、LncTarD等）馏锡，

SC2disease：http://easybioai.com/sc2disease/
來自西北工業(yè)大學(xué)雷蹂、西安交通大學(xué)、哈爾濱工業(yè)大學(xué)杯道、復(fù)旦大學(xué)和天津大學(xué)的研究團隊共同開發(fā)的匪煌、人工整理的人類疾病單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫，

HCA(Human Cell Atlas)：https://data.humancellatlas.org/
人類細胞圖譜計劃党巾，目前規(guī)模比較大萎庭、覆蓋比較全面的單細胞數(shù)據(jù)庫。

SCEA(Single Cell Expression Atlas)：https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home
歐洲EMBL-EBI的單細胞數(shù)據(jù)庫齿拂，收集了包括14個物種驳规、181個study、403萬個細胞创肥。

HCL(Human Cell Landscape)：https://db.cngb.org/HCL/
浙江大學(xué)郭國驥教授開發(fā)，包括人類50種組織的超過70萬個細胞，劃分為102個cluster叹侄，可以查詢每種組織巩搏、每個cluster的marker基因≈捍可以上傳和下載數(shù)據(jù)自行分析贯底。

scRNASeqDB:https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/
第一個人類單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)庫收錄了38個單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集的13440個樣本的信息撒强，其中GEO數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)集有36個禽捆，用戶可根據(jù)基因gene或細胞類型cell來搜索基因表達的信息，同時scRNASeqDB還提供可查詢和可視化工具飘哨，包括基因胚想、細胞類型或群體間差異表達基因的注釋信息，另外用戶還可以通過Dataset View功能瀏覽數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)信息芽隆。