ChromHMM 是一個基于隱馬爾可夫模型（Hidden Markov Model, HMM）的計算工具冗茸，它用于系統(tǒng)地鑒定和表征基因組中的染色質(zhì)狀態(tài)。這些狀態(tài)通常與不同的基因...
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ChromHMM：染色質(zhì)狀態(tài)發(fā)現(xiàn)和表征 -
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運行cellranger及結(jié)果解讀
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對Cell Ranger這個軟件都不陌生，我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法偏友。Cell R...
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hisat2比對軟件將reads比對到參考基因組
轉(zhuǎn)載：https://biozx.top/hisat2.html[https://biozx.top/hisat2.html] HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼...
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利用TrimGalore去除adapter以及過濾fastq文件學(xué)校網(wǎng)課筆記~ 今天的網(wǎng)課主要介紹怎么把原始的fastq文件根據(jù)fastqc結(jié)果進(jìn)行去接頭、以及過濾掉低質(zhì)量的reads。 主講人介紹目前主要使用的去接頭/過濾的軟件有三種：...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學(xué)習(xí)IGV的時候?qū)戇^兩篇推文，當(dāng)時簡單做了了解涮瞻，但有朋友說意猶未盡，嗯我也這么覺得假褪，總覺得還是學(xué)的不夠署咽。推薦閱讀：https://github...
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R包clusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕生音，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無參考基因組該怎么辦艇抠，值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段時間一直在用cellranger count進(jìn)行單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的處理，不得不說Cell Ranger作為10X Genomics官方的單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理工具久锥，功能還是很強大的...
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11.芯片數(shù)據(jù)GEO數(shù)據(jù)庫下載一、基因芯片 基因芯片：由大量cDNA或寡核苷酸探針密集排列而形成的探針陣列异剥，其基本原理是雜交測序方法瑟由。 cDNA芯片制作：通過克隆的方法獲得目的cDNA序列，將其作為探針高...
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16.DO富集分析R語言代碼及圖的繪制首先冤寿，向給我留言及私信的小伙伴們說一聲抱歉歹苦，我這段時間太忙了，很久很久沒登錄簡書督怜，所以留言和私信都沒回復(fù)殴瘦，抱歉啦；我看著留言和私信的時間比較久遠(yuǎn)了号杠，也不知道小伙伴們的問題有沒...
