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Jupyter Notebook代碼補(bǔ)全插件nbextensions安裝錯誤問題
安裝過程 (cmd環(huán)境) 1.install jupyter_contrib_nbextensions 因為默認(rèn)地址下載速度超慢，所以使用-i https://pypi.mi...
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竟然有評論哈哈哈竿音，才看到??
【R】散點(diǎn)圖（二）
數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)來源 使用的數(shù)據(jù)集mtcars是R自帶的數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)格式說明 該數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)類型為data.frame如庭，一共有11列套蒂，每一列對應(yīng)于汽車的某一特征与境。每一行記錄一種汽車的...
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【R】散點(diǎn)圖（二）數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)來源 使用的數(shù)據(jù)集mtcars是R自帶的數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)格式說明 該數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)類型為data.frame，一共有11列，每一列對應(yīng)于汽車的某一特征憔恳。每一行記錄一種汽車的...
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【R】散點(diǎn)圖（一）數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)來源 此次繪圖用的數(shù)據(jù)集是R自帶的數(shù)據(jù)集“iris”（鳶尾花數(shù)據(jù)集）瓤荔。 數(shù)據(jù)格式解說 該數(shù)據(jù)集有5列數(shù)據(jù)，如果是要比較花萼長度（sepal.Length)和花萼寬度...
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是說三款軟件的分析結(jié)果差異大是嗎钥组？ @yanmou 確實(shí)確實(shí)输硝，取交集還是更靠譜
limma、DESeq2程梦、edgeR差異分析及繪制韋恩圖
不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標(biāo)点把。差異表達(dá)分析方法包括：基于Read數(shù)目：DESeq、limma和edgeR屿附；基于組裝技術(shù)：Cuffdif和...
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轉(zhuǎn)錄組差異分析流程三大R包比較總目錄： 數(shù)據(jù)預(yù)處理 limma包進(jìn)行差異分析 edgeR包進(jìn)行差異分析 DESeq2包進(jìn)行差異分析 三大R包比較 1.輸入數(shù)據(jù)比較 edgeR: 原始的count矩陣郎逃，支持...
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@yanmou 真是不好意思喔，現(xiàn)在才回復(fù)挺份，經(jīng)過這幾天的檢查我發(fā)現(xiàn)可能是我之前做差異分析或者定量的時候結(jié)果存在一定的問題褒翰，如果解決了前面的問題應(yīng)該就能做到大部分重合，到時候我會及時更新匀泊，很抱歉优训，在前面的步驟中沒有及時檢查結(jié)果文件。謝謝你的提醒各聘。但是好像畫韋恩圖一般用于確定感興趣的某個基因是否在交集內(nèi)揣非，如果是為了找差異基因，用deseq2做就可以了叭躲因。
limma早敬、DESeq2、edgeR差異分析及繪制韋恩圖
不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標(biāo)毛仪。差異表達(dá)分析方法包括：基于Read數(shù)目：DESeq搁嗓、limma和edgeR芯勘；基于組裝技術(shù)：Cuffdif和...
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是說三款軟件的分析結(jié)果差異大是嗎？
limma饶号、DESeq2铁追、edgeR差異分析及繪制韋恩圖
不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標(biāo)。差異表達(dá)分析方法包括：基于Read數(shù)目：DESeq茫船、limma和edgeR琅束；基于組裝技術(shù)：Cuffdif和...
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@巴拉巴拉11 對結(jié)果的解讀確實(shí)沒有，我只是以其中一個樣本為例展示了定量的結(jié)果算谈，可視化和畫圖的話在我的主頁中有一篇文章是畫了散點(diǎn)圖的涩禀，針對三款不同的定量軟件進(jìn)行結(jié)果的比對，單獨(dú)針對salmon的可視化分析倒是沒有然眼，不過感謝你的提議埋泵，我會完善相應(yīng)的部分的。
Salmon快速定量轉(zhuǎn)錄本
set index --keepDuplicates :默認(rèn)設(shè)置中去除冗余的序列一致性轉(zhuǎn)錄本罪治，該參數(shù)保留輸入文件中的冗余轉(zhuǎn)錄本并單獨(dú)計數(shù)-t:轉(zhuǎn)錄本fasta文件(這里用的是...
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你是說差異分析嗎丽声？
Salmon快速定量轉(zhuǎn)錄本
set index --keepDuplicates :默認(rèn)設(shè)置中去除冗余的序列一致性轉(zhuǎn)錄本，該參數(shù)保留輸入文件中的冗余轉(zhuǎn)錄本并單獨(dú)計數(shù)-t:轉(zhuǎn)錄本fasta文件(這里用的是...
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limma觉义、DESeq2雁社、edgeR差異分析及繪制韋恩圖不同的時空以及不同的條件下差異基因分析是RNAseq分析的重要目標(biāo)。差異表達(dá)分析方法包括：基于Read數(shù)目：DESeq晒骇、limma和edgeR霉撵；基于組裝技術(shù)：Cuffdif和...
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不同定量軟件的結(jié)果比對提取 分別用rsem,kallisto,Salmon定量得到每個樣本isoform的定量文件,提取了transcript_id一列和count一列,并且增加了序號列,使得每個...
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小姐姐，我想請教你一個問題：我用了幾款不同的軟件做isoform的定量洪囤，然后用deseq2分別對得到的定量結(jié)果做轉(zhuǎn)錄本表達(dá)的差異分析徒坡，就是想比較一下這幾款軟件定量的準(zhǔn)確度，那我該看什么指標(biāo)呢瘤缩？
bioinfo100 —— 第35題 RNA-Seq 數(shù)據(jù)的定量之RPKM和FPKM
https://zhuanlan.zhihu.com/p/50811365 Hello大家好喇完！好久不見了！ 之前手頭上一直有很多事情剥啤，因此咱們的生物信息學(xué)100個基礎(chǔ)問題（B...
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想請教作者一個問題：我用了幾款不同的軟件做isoform的定量锦溪，然后用deseq2分別對得到的定量結(jié)果做isoform表達(dá)的差異分析，就是想比較一下這幾款軟件定量的準(zhǔn)確度府怯，那我該看什么指標(biāo)呢刻诊？
一文學(xué)會常規(guī)轉(zhuǎn)錄組分析
數(shù)據(jù)來源：Cytosolic acetyl-CoA promotes histone acetylation predominantly at H3K27 in Arabid...
