@汪大山我降了版本后不需要了
SnpEff：vcf注釋軟件安裝及應(yīng)用需要準(zhǔn)備的內(nèi)容: 環(huán)境：Linux 或 Ubuntu秸歧，已經(jīng)安裝openjdk 文件：通過 GATK 流程得到的變異或者 VCF 格式的文件 參考文件：對(duì)應(yīng)基因組版本的 gff...
發(fā)簡信
IP屬地：海南
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變異位點(diǎn)的歸一化(normalization of indel)
一嫉你、定義二、indel的左對(duì)齊三、多等位位點(diǎn)的左對(duì)齊 定義 在二代測序中逻锐，使用bcftools call或者 gatk HaplotypeCaller工具檢出變異位點(diǎn)的時(shí)候夫晌，...
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測序數(shù)據(jù)的深度慷丽、覆蓋度等計(jì)算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
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snpEff安裝及建庫
snpEff安裝及使用： 1.安裝（推薦這種方法而不是conda） 參考: http://pcingola.github.io/SnpEff/download/[http:/...
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您好，很感謝您的教程妆丘，但是我發(fā)現(xiàn)不知道是版本問題還是什么，下載基因組和gtf文件外勺拣，還需要cds和蛋白質(zhì)fa文件，否則會(huì)報(bào)錯(cuò)
SnpEff：vcf注釋軟件安裝及應(yīng)用
需要準(zhǔn)備的內(nèi)容: 環(huán)境：Linux 或 Ubuntu药有，已經(jīng)安裝openjdk 文件：通過 GATK 流程得到的變異或者 VCF 格式的文件 參考文件：對(duì)應(yīng)基因組版本的 gff...
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您好，我有個(gè)問題想請(qǐng)教一下您苇经，我想用來call snp的原始文件是數(shù)據(jù)庫中下的全基因組文件，而不是下機(jī)reads宦言，也就是比對(duì)到ref上只有1x，這樣得到的vcf文件可以直接用來建樹嗎奠旺？
使用Snippy構(gòu)建細(xì)菌基因組SNP蜘澜、core SNP和系統(tǒng)進(jìn)化分析
snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 是澳大利亞墨爾本大學(xué)的 Torsten Seemann[https://twitter....
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隨筆 | 2020 #1
在2020的第一個(gè)月月中才想起在簡書上寫點(diǎn)什么... 立個(gè)Flag鄙信，6月前分享10篇文章瞪醋。 由于學(xué)習(xí)的需要扮碧，對(duì)于linux趟章、算法原理、統(tǒng)計(jì)學(xué)方法及原理需要接觸的越來越多蚓土，以后...
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@塵世中一個(gè)迷途小書僮 非常感謝您~
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款檢測文庫中rRNA含量赖淤，并去除rRNA reads的軟件蜀漆。當(dāng)懷疑文庫中包含的rRNA比例較高時(shí)，這款軟件可以派上用場咱旱。以下簡單介紹它的安裝與基本使用方...
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您好，請(qǐng)問一下吐限，序列組裝后得到了多個(gè)contig，這時(shí)候想把他們變成一條基因組诸典，有什么軟件可以做嗎描函？有什么可以批量做這個(gè)的軟件推薦嗎？
基因組組裝（全）
基因組組裝一般分為三個(gè)層次狐粱，contig, scaffold和chromosomes. contig表示從大規(guī)模測序得到的短讀(reads)中找到的一致性序列。組裝的第一步就...
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@塵世中一個(gè)迷途小書僮 謝謝你噢互墓！
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款檢測文庫中rRNA含量，并去除rRNA reads的軟件蒋搜。當(dāng)懷疑文庫中包含的rRNA比例較高時(shí)篡撵，這款軟件可以派上用場。以下簡單介紹它的安裝與基本使用方...
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您好酸休，請(qǐng)問一下在每次運(yùn)行前要保證kvdb/下是空的祷杈，是不是意味著不能同時(shí)跑兩個(gè)樣本，請(qǐng)問您是怎么解決的呢渗饮？當(dāng)我單獨(dú)設(shè)置--kvdb等等這三個(gè)參數(shù)時(shí)但汞，輸出比對(duì)到rRNA的fq是空的不知道為什么
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款檢測文庫中rRNA含量宿刮，并去除rRNA reads的軟件。當(dāng)懷疑文庫中包含的rRNA比例較高時(shí)私蕾，這款軟件可以派上用場僵缺。以下簡單介紹它的安裝與基本使用方...
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complexheatmap報(bào)錯(cuò)的解決辦法
conplexheatmap直接安裝時(shí)踩叭，和很多R版本不兼容，會(huì)報(bào)錯(cuò)可以試試這個(gè)： devtools::install_github("jokergoo/ComplexHeat...
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@小白菜學(xué)生信 好的謝謝
宏轉(zhuǎn)錄組分析：SortMeRNA鑒定過濾rRNA
導(dǎo)讀 轉(zhuǎn)錄組測序一般期望得到的是mRNA的信息自脯，但是總RNA當(dāng)中絕大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是無用的斤富，所以需要去除總RNA中的rRNA，獲得較純的mRNA满力。真核生...
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請(qǐng)問一下您的八個(gè)參考基因組是在哪里下的？
宏轉(zhuǎn)錄組分析：SortMeRNA鑒定過濾rRNA
導(dǎo)讀 轉(zhuǎn)錄組測序一般期望得到的是mRNA的信息油额，但是總RNA當(dāng)中絕大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是無用的潦嘶，所以需要去除總RNA中的rRNA涩嚣，獲得較純的mRNA。真核生...
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blat下載和安裝
make報(bào)錯(cuò)了 看來時(shí)缺依賴yum install libpng #我是centos系統(tǒng)安裝不了這個(gè)包缓艳，，非常幸運(yùn)找到這個(gè)網(wǎng)站阶淘，告訴我blat安裝的依賴http://geno...
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kmergenie報(bào)錯(cuò)
組裝之前想評(píng)估一下用多長的kmer合適冯勉，找到了kmergenie軟件：它可以進(jìn)行k-mer分析及基因組大小評(píng)估澈蚌。具體下載安裝和操作請(qǐng)參考：https://www.jiansh...
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linux安裝R
可直接點(diǎn)開網(wǎng)址選到你的linux系統(tǒng)類型安裝即可：https://docs.rstudio.com/resources/install-r/#optional-install...
