不知從TCGA下了多少次數(shù)據(jù)了昏滴，每次都像失憶了一樣重新研究……果然凡事都該動筆記下來 TAT本次以肝癌數(shù)據(jù)為例操作系統(tǒng)：MAC OS 1. 登陸TCGA網(wǎng)站 https://...
發(fā)簡信
IP屬地：安徽
-
從官網(wǎng)上下載TCGA數(shù)據(jù) -
用R將fasta文件轉(zhuǎn)換成CSV文件格式
mikesqc2021年1月14日 工作中有時需要對“核酸序列”文件進行各種格式的轉(zhuǎn)換。最近由于工作需要，需將fasta文件轉(zhuǎn)換成CSV文件格式攀唯。做為一名R語言初學(xué)菜鳥，首選...
-
轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
-
R語言學(xué)習(xí)準(zhǔn)備工作-R包安裝練習(xí)
參考http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 第一個準(zhǔn)備工作是安裝必備軟件霹崎，參考視頻鏈接：https://share.weiyun....
-
學(xué)習(xí)《云雨圖》看Y叔的公眾號發(fā)現(xiàn)一個有意思的箱線圖展示胯陋，趕緊來學(xué)習(xí)一下：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5NjUyNzkxMg==&mid=2247...
-
2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera從NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫中下載原始測序數(shù)據(jù)記錄下下載過程，為自己和后人避坑扒磁。 1.Conda連接不上鏡像源問題 首先是anaconda安裝軟件或創(chuàng)建環(huán)境時遇到的問題庆揪。即使換完清華源和其他鏡像源以后依舊報錯。 嘗試了很...
-
RNA-seq用hisat2妨托、stringtie缸榛、DESeq2分析一、安裝軟件 1兰伤、HISAT2 將reads比對到基因組上 2内颗、StringTie 將比對好的reads進行拼裝并預(yù)計表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
-
GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識與前期準(zhǔn)備 - 簡書[http://www.reibang.com/p/97e803755fa6]GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq varia...
-
clusterProfiler基因功能富集分析 +氣泡圖1. 非模式生物 非模式生物需要提前從AnnotationHub抓取目標(biāo)物種的OrgDb數(shù)據(jù)庫敦腔，這個庫里包括Uniport均澳，ENSEMBL，ENTREZID符衔，REFSEQ找前，G...
